Redigerer Pyrosekvensering

'''Pyrosekvensering''' er en metode for å sekvensere [[DNA-sekvensering|DNA]], dvs. for å finne rekkefølgen av nukleotider i [[DNA]]. Metoden er basert på det såkalte «sequencing-by-synthesis» prinsippet. Teknologien ble utviklet av Mostafa Ronaghi på Royal Institute of Technology i Stockholm i 1996.<ref name=RonachiScience>
{{Cite journal| author=Ronaghi et al. |title=A sequencing method based on real-time pyrophosphate | journal=Science |date=1998-07-17|volume=281|page=363 |url=http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/281/5375/363 |pmid=9705713| pages=363| doi=10.1126/science.281.5375.363| last2=Uhlén| first2=M| last3=Nyrén| first3=P| issue=5375}}
</ref><ref>{{Cite journal|author=Ronaghi et al.|title=Real-time DNA sequencing using detection of pyrophosphate release| journal=Analytical Biochemistry|year=1996 |volume=242 |page=84–89 |pmid=8923969|pages=84|doi=10.1006/abio.1996.0432|last2=Karamohamed|first2=S|last3=Pettersson|first3=B|last4=Uhlén|first4=M|last5=Nyrén|first5=P|issue=1}}</ref><ref>{{Cite journal|author=Nyrén, P. |title=The History of Pyrosequencing|journal=Methods Mol Biology |year=2007|volume=373| pmid=17185753|pages=1–14}}</ref>

== Detaljer ==
Som Sanger-sekvenseringen bruker metoden DNA-polymerase for syntesen av DNA-tråden. Forskjellen er at man kan se at DNA-polymerasen henger på enkelt nukleotider på en nysyntetisert DNA-tråd. Dette er omformet til en lysblits ved hjelp av enzymer.<ref name=Margulies>{{Cite journal|author=Margulies M, Egholm M, Altman WE, ''et al'' |title=Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors |journal=''Nature'' |volume=437 |issue=7057 |pages=376–80 |year=2005 |month=September |pmid=16056220 |pmc=1464427 |doi=10.1038/nature03959 }}</ref>

Lysblitsene kan registreres, og hvert par av lysintensitet og nukleotid gir et såkalt "homopolymer run", der lengden er proporsjonal med lysintensiteten (f.eks. står paret [1,G] for enkeltnukleotiden G, og [3,A] for sekvensbiten AAA). Da lyssignaler (som blir kalt "flow verdier" i 454 pyrosekvensering) har blitt observert i en fast rekkefølge («T → A → C → G»), kan sekvensen bli lest fra alle disse parene etter de har vært knyttet sammen (se eks.)

Eksempel: Lysintensitetene for de første åtte nukleotider (T,A,C,G,T,A,C,G) gir verdier rundet til (1,0,2,2,3,0,0,1). Parene [T,1], [A,0], [C,2], [G,2], [T,3], [A,0], [C,0], [G,1] kan oversettes til sekvensen TCCGGTTTG.

På grunn av at nukleotidene er behandlet i en fast syklus, er feilmønsteret annerledes enn i Sanger sekvensering. Det kan skje at en flow verdi er høyre eller lavere enn den skulle være, noe som fører til en [[innsetting]] eller til en [[delesjon]]. En [[substitusjon]] kan bare skje når en innsetting følger direkte på en delesjon eller vice versa.

== Kommersialisering ==
Firmaet Pyrosequencing AB i Uppsala, Sverige, kommersialiserte maskin og reagenser for å sekvensere korte biter av DNA ved bruk av pyrosekvenseringsteknikken. Pyrosequencing AB ble omdøpt til Biotage i 2003 og overtatt av Qiagen i 2008.<ref>{{Kilde www |url=http://www1.qiagen.com/News/files/PR_Biotage.pdf |tittel=Qiagen acquires biosystems business from Biotage. Qiagen press release, October 1st, 2008 |besøksdato=2010-09-16 |arkiv-dato=2011-07-15 |arkiv-url=https://web.archive.org/web/20110715135604/http://www.qiagen.com/News/files/PR_Biotage.pdf |url-status=død }}</ref> Så ble teknologien lisensert til 454 Life Sciences. 454 utviklet en array-basert pyrosekvenseringsteknikk som ble til en plattform for DNA-sekvensering i store sammenhengder, særlig for [[genomsekvensering]] og metagenomikk. 454 er i dag eid av Roche Diagnostics.

== Utvikling og Anvendelser ==
Pyrosekvenseringen er f.eks. brukt for å finne enkeltnukleotidpolymorfier (SNP, engelsk Single Nucleotide Polymorsphism) eller i metagenomikk. Mens metoden ikke ennå har vært brukt mye for sekvensering av hele genom på grunn av korte read lengder, blir det mer og mer et alternativ til Sanger-sekvensering. I Norge ble pyrosekvensering anvendt i prosjektet for å sekvensere torskens genom.<ref name=torsk>http://codgenome.no {{Wayback|url=http://codgenome.no/ |date=20160610080733 }} The Cod Genome Project</ref> Read lengder utviklet seg fra omtrent 100-200 basepar i den første 454 generasjonen kalt GS20 (2005) til 300-400 basepar i GS FLX (2007) og står nå på omtrent 500-600 basepar i GS FLX Titanium versjonen (2008), sammenliknet med Sanger-sekvensering som produserer read lengder på over 900 basepar. 

== Se også ==
* [[Bioinformatikk]]
* [[DNA]]
* [[DNA-sekvensering]]
* [[Gen]]
* [[Genetikk]]
* [[Sekvenssammenstilling]]
==Referanser==
<references/>

== Eksterne lenker ==
* {{Språkikon|en}} [http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E Video om pyrosekvenseringen] 
* {{Språkikon|en}} [https://web.archive.org/web/20080318163514/http://www.454.com/ Hjemmeside til 454 pyrosekvensering]
{{Autoritetsdata}}

[[Kategori:Molekylærbiologi]]