Redigerer Maria Stuart (avsnitt)

=== Flukt og fengsling i England ===
[[Fil:Maryincaptivity.jpg|thumb|Maria Stuart i fangenskap, ca. 1580.]]
Maria gikk i land ved [[Workington]] i England den 19. mai og bodde i [[Workington Hall]]. Hun ble raskt fengslet av Elisabeths offiserer ved [[Carlisle Castle]]. I løpet av hennes fengsling skal hun ha hatt sin berømte frase ''En ma Fin gît mon Commencement'' («I min ende er min begynnelse») brodert på sine klær. Hun ble forflyttet til [[Bolton Castle]] den 16. juli 1568 og ble der i varetekt av [[Henry, 9. lord Scrope]], fram til 26. januar 1569 da hun ble forflyttet til [[Tutbury Castle]].

Etter hennes flukt til England forventet Maria Stuart at Elisabeth I ville hjelpe henne å gjenvinne tronen. Elisabeth var forsiktig og beordret en undersøkelse i spørsmålet om Maria først burde bli tiltalt for mordet på Darnley. En konferanse ble holdt i [[York]] og senere i [[Westminster]] mellom oktober 1568 og januar 1569. Anklagerne var de skotske lordene som hadde avsatt henne. Av politiske grunner ønsket Elisabeth hverken å dømme Maria for mord, eller frikjenne henne for det samme. Konferansen ble således en politisk øvelse.

Maria nektet å anerkjenne retten til noen domstol da hun var en dronning, og mannen som hadde ansvaret for søksmålet, [[James Stewart, 1. jarl av Moray]], var regent av Skottland for hennes egen sønn kong Jakob. Hans viktigste motiv var å hindre at hun ble gitt tronen tilbake. Maria nektet å gi et skriftlig forsvar om ikke Elisabeth kunne garantere en dom på ikke skyldig, noe den engelske dronningen ikke var villig til.

Som bevis presenterte Marias skotske anklagere de såkalte «kistebrevene» («Casket letters»), åtte brev etter forlydende fra Maria og til Bothwell, rapportert av [[James Douglas, 4. jarl av Morton]], for å ha blitt funnet i Edinburgh i en sølvboks engravert med bokstaven F (etter sigende for Frans II), sammen med et antall andre dokumenter, inkludert deres ekteskapsbevis. Resultatet av konferansen var at disse brevene ble akseptert som ekte etter en undersøkelse av håndskriften, og den informasjonen som brevene ga ble derfor også bedømt for å være genuine. Dog, som Elisabeth hadde ønsket, undersøkelsen kom til konklusjonen at intet var blitt bevist. I etterpåklokskapens navn synes det som om at ingen av de involvert partene hadde sannheten som sitt fremste mål. James MacKay har kommentert at en av de merkeligste «rettssaker» i juridisk historie hadde endt opp med ingen dom om skyld med det resultat at anklagerne reiste tilbake til Skottland og den anklagede forble holdt i varetekt i «beskyttende forvaring».

I [[1570]] ble Elisabeth overtalt av representanter fra kong [[Karl IX av Frankrike]] til å love å gi sin støtte til at Maria kunne gjenvinne sin skotske trone. Som en betingelse krevde hun en bekreftelse av Edinburgh-traktaten, noe Maria selv ikke nå var villig til å gjøre. Uansett fortsatte William Cecil, 1. baron Burghley, forhandlingene med Maria på Elisabeths vegne.

I 1569 hadde Cecil uoffisielt utpekt sir [[Francis Walsingham]] til å organisere en hemmelig tjeneste for å beskytte riket, særlig dronningens person. Deretter hadde Cecil som Walsingham mange grunner som muligheter for å vokte Maria Stuart svært grundig.

[[Ridolfikomplottet]] var en katolsk plan om å avsette Elisabeth med hjelp fra utenlandske soldater, og plassere Maria Stuart på Englands trone. Konspirasjonen fikk den engelske dronningen til ombestemme seg, og med dronningens oppmuntring introduserte parlamentet en lov i [[1572]] som forhindret Maria fra å kreve den engelske tronen. Uventet nektet Elisabeth å gi den sin kongelige godkjenning. Det lengste hun noen gang gikk var i [[1584]] da hun introduserte et dokument (''Bond of Association'') som hadde det formål å hindre noen potensielle etterfølgere fra å dra fordel av et mulig mord på henne. Det var ikke juridisk bindende, men ble signert av tusener, inkludert Maria Stuart selv.

Elisabeth betraktet Marias krav på den engelske trone som en alvorlig trussel, og i de neste 18 årene ble Maria holdt i forvaring, det meste av tiden i [[Sheffield Castle]] og [[Sheffield Manor]] under ledelse av [[George Talbot, 6. jarl av Shrewsbury]] og hans fryktelige hustru [[Bess av Hardwick]]. Bothwell ble fengslet i [[Danmark]], ble deretter sinnssyk og døde i fengsel i [[1578]].