Redigerer Gasskromatografi–massespektrometri (avsnitt)

=== Kjemisk ionisering ===
Ved kjemisk ionisering (CI) blir en reagensgass, vanligvis [[metan]] eller [[ammoniakk]], introdusert i massespektrometeret. Avhengig av hvilken teknikk (positiv CI eller negativ CI) som er valgt, vil denne reagensgassen samhandle med elektronene og analytten og forårsake en 'myk' ionisering av molekylet av interesse. En mykere ionisering, fragmenterer molekylet i lavere grad enn hard ionisering av EI. En av de viktigste fordelene ved å bruke kjemisk ionisering er at det produseres et massefragment som tilsvarer molekylvekten til analytten av interesse.

Ved positiv kjemisk ionisering (PCI) samhandler reagensgassen med målmolekylet, ofte med en protonutveksling. Dette produserer specier i relativt store mengder.

Ved negativ kjemisk ionisering (NCI) reduserer reagensgassen effekten av de frie elektronene på målanalytten. Denne reduserte energien etterlater vanligvis fragmentet i stor forsyning.