Redigerer PCR (avsnitt)

== Utførelse ==
Først må det lages en blanding med nødvendige ingredienser. Disse er: DNA-templat, en blanding av to typer primere, DNA-polymerase ([[enzym]]) og [[nukleotid]]er (dNTP). Dette blandes sammen i en buffer som gir det riktige kjemiske miljøet og settes så i en PCR-maskin (termosykler), som er en varmeblokk av metall. Denne kan programmeres til å heve og senke temperaturen raskt. Prosessen i maskinen foregår i tre hovedtrinn:

=== Trinn 1: Denaturering ===
PCR-maskinen varmer opp blandingen til ca. 95ºC (temperaturen kan heves noe hvis templatet er stort) i rundt 1 minutt eller mer. Da denatureres DNA, dvs. at det går fra dsDNA til ssDNA fordi hydrogenbindingene mellom nukleotidene i spiralen brytes. Bindingene i enkelttrådene brytes først ved høyere temperaturer.

=== Trinn 2: Hybridisering (annealing) ===
Blandingen avkjøles til ca. 50ºC (40-70ºC), og denne temperaturen skal være lav nok til at primerne kan binde seg til templaten. Begge primerne er spesielt designet for å være komplementære til hver sin ende av det DNA som skal amplifiseres (mål-DNA), dvs. til flankerende DNA. De hybridiserer til hver sin tråd. Størrelsen på en primer er normalt 20-30 baser, og hvor høy temperaturen i dette trinnet kan være er avhengig av størrelsen; for at en primer skal kunne feste seg, må temperaturen være under smeltepunktet til primeren(vanligvis ca. 5ºC under). Smeltepunktet varierer med størrelsen slik at store primere har høyt smeltepunkt. Både veldig små og veldig store primere kan være problematisk å bruke.

=== Trinn 3: Polymerisering ===
Mål-DNA blir syntetisert av DNA polymerase fra primerne. Dette skjer ved ca. 72ºC. Ved oppvarming til 95ºC ved denatureringen vil DNA polymerase fra E. coli. ødelegges. Hvis man skal slippe å tilsette ny polymerase for hvert polymiseringstrinn, må det brukes et enzym som tåler høyere temperaturer. Derfor brukes en varmestabil DNA polymerase fra bakterien Thermus aqaticus, kalt Taq polymerase. Denne fungerer best ved 72ºC. DNA-syntesen går fra den frie 3’OH-enden på begge primere. Primer 1 syntetiserer den ene DNA-tråden, mens primer 2 syntetiserer den andre. De to første produktene vil være halvlange, siden flankerende DNA fra bare den ene siden (før primeren) er borte fra det opprinnelige templatet. 

=== Gjentakelse ===
Prosessen starter da på nytt med de tre trinnene, og de 4 trådene etter første runde blir i andre runde til 8. 2 av de 4 nye trådene vil da være korte, dvs. at de bare inneholder mål-DNA og primere (flankerende DNA fra den andre siden er også fjernet). Dette er de som er syntetisert fra de halvlange trådene fra første runde. I videre runder vil det fortsatt bare være 2 lange tråder, mens 2 nye halvlange vil syntetisere fra de lange for hver ny runde. Antallet av de korte (som er viktige) vil imidlertid øke eksponentielt. Den totale mengden tråder etter n runder er 2^(n+1). Hver runde tar 4-5 minutter. Man kan f.eks. la PCR-reaksjonen gå 30 runder, slik at den totale tiden blir 2-3 timer.