Redigerer Lennart Meri (avsnitt)

=== Store nasjonale kompromisser ===
[[Fil:Lennart Meri, Johan Saar, Tarmo Kõuts (KLMET5458F 1).tif|miniatyr|Meri, oberst Johan Saare og marinekaptein Tarmo Kõuts, som senere ble Estlands forsvarssjef. Estland måtte bygge opp sitt nasjonale forsvar på nytt etter 1991. {{Byline|Det estiske krigsmuseet}}]]

Et av de største politiske problemene som det uavhengige Estland ble stilt overfor, var hvordan staten skulle forholde seg til den russisktalende minoriteten, som for det meste hadde innvandret i løpet av sovjettiden. Meri og regjeringen ønsket å innrømme dem så få rettigheter som mulig. Mens han ennå var utenriksminister, uttalte Meri overfor USAs utenriksminister [[James Baker]] at Estland, som hadde vært okkupert, ikke var noen etterfølgerstat til Sovjetunionen, og følgelig ikke hadde noe ansvar for russerne i landet.<ref>{{Kilde bok|etternavn=Zubok|fornavn=Vladislav M.|år=2021|tittel=Collapse: The Fall of the Soviet Union|forlag=Yale University Press|side=347|isbn=978-0-300-26244-5|doi=10.12987/9780300262445|språk=en}}</ref> Esterne var misfornøyde med at [[Organisasjonen for sikkerhet og samarbeid i Europa|KSSE]] og [[Europarådet]] betraktet russere i tidligere sovjetrepublikker som likeverdige med andre minoriteter.<ref name="Smith">{{Kilde artikkel|etternavn=Smith|fornavn=David J.|år=2003|tittel=‘The Devil and the deep Blue Sea’: European integration, national identity and foreign policy in post-communist Estonia|publikasjon=Journal of Communist Studies and Transition Politics|bind=19|nummer=3|side=156–177|språk=en|issn=2159-9165|doi=10.1080/13523270300660022}}</ref>

Mellom 1991 og 1993 vedtok Riigikogu statsborgerskapslover som gjorde det vanskelig for etniske minoriteter som ikke hadde tilknytning til landet før 1940 eller behersket estisk, å oppnå statsborgerskap. President Meri grep inn og sørget for visse tillempinger, så saken ikke ble stående i veien for Estlands inntreden i Europarådet. Det var også uro for at Russland kunne bruke grensetvister og gjenværende militære styrker i Estland som pressmidler, om ikke minoritetsspørsmålet ble minnelig løst.<ref name="Raun"/><ref name="Smith"/>

I juli 1994 ferdigforhandlet Meri og Russlands president [[Boris Jeltsin]] en avtale om tilbaketrekning av de siste russiske militære styrkene fra Estland. Meri løste en presserende sak, underhånden hjulpet av vestlige diplomater, men overtrådte sine fullmakter. Avtalen innebar også at over {{formatnum:10000}} pensjonerte offiserer fikk oppholdstillatelse og garantier om sosiale goder i Estland, noe som vakte stor forargelse.<ref name="Woehrel"/><ref name="Raun"/><ref name="Smith"/>