Redigerer Francisco José Cox Huneeus (avsnitt)

===Fratreden===
[[Pave Johannes Paul II]] innvilget erkebiskop Cox’ fratreden som erkebiskop av La Serena 16. april 1997. Psykiske helseproblemer ble sagt å forklare avskjeden lenge før den vanlige pensjoneringsalderen på 75 år.<ref name=crux20181008/> 

Fra 1997 til 2002 utførte han administrative oppdrag i Roma og i [[Colombia]], og forlot deretter Chile permanent for å bo ved Schönstattbevegelsens sentrale hovedkvarter i Tyskland etter anmodning fra [[Bispekongregasjonen]].<ref name=sch20181005>{{cite press release | website = Conferencia Episcopal de Chile | url = http://noticias.iglesia.cl/noticia.php?id=36965 | language = es | access-date = 17. oktober 2018 | title = Comunicados sobre situación de obispo Francisco José Cox | date = 5. oktober 2018 | accessdate = 2023-06-07 | archivedate = 2021-04-13 | archiveurl = https://web.archive.org/web/20210413184901/http://noticias.iglesia.cl/noticia.php?id=36965 }}</ref> Der arbeidet han med oversettelser.<ref name=nac20100508/> Flere år senere, i 2018, sa Schönstattfedrene at de hadde sviktet ved å unnlate å følge opp på de fremlagte opplysninger om Coxs overgrep da han forlot La Serena.<ref name=crux20181008/>

I 2002, da han fikk vite at to aviser, La Nación og La Tercera, var i begrep med å rapportere omstendighetene rundt erkebiskop Cox' avgang,<ref name=nac20021103/> avslørte kardinal [[Francisco Javier Errázuriz Ossa]], erkebiskop av Santiago de Chile, at Cox hadde trukket seg frivillig på grunn av anklager om seksuelle overgrep. Han sa at ''«hans affektivitet og ekspressivitet hadde vekket mistanker og tolkninger rundt ham som gjorde det veldig vanskelig for ham å fortsette sitt virke i La Serena»'', og at han ikke hadde vært i stand til å endre sin væremåte selv etter at han var blitt oppfordret til det av venner og overordnede. Han sa at Cox uttrykte «noe sprudlende hengivenhet» overfor alle, selv om han medgav at den var «mer overraskende med hensyn til barn». Han sa at anklagene mot Cox var ikke var bevis. Han sa at rettssystemet burde få gå sin gang. Cox' etterfølger, erkebiskop [[ Manuel Gerardo Donoso Donoso]], sa at han hadde mottatt flere klager som han anså som ukontrollerbare, og at alle kunne se at Cox var «kanskje overdrevent kjærlig». Han sa: «Jeg vil gjerne fortelle folket i La Serena at noen føler seg såret, andre overrasket over, at vi slutter rekkene rundt Kristus. Pastorer er svake, vi er mennesker, og vi har mange vanskeligheter. Hvis noen har handlet feil, beklager jeg dette ydmykt, i Kirkens navn.»<ref>{{cite news |url=http://www.primeralinea.cl/p4_plinea/site/20021102/pags/19800102063903.html |title=Iglesia reconoce que recibió nueve denuncias contra Cox |language=es |work=La Nación |date=2. november 2002 |access-date=16. oktober 2018 |url-status=yes |archive-date=23. juli 2011 |archive-url=https://web.archive.org/web/20110723051610/http://www.primeralinea.cl/p4_plinea/site/20021102/pags/19800102063903.html |accessdate=2023-06-07 |archivedate=2011-07-23 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20110723051610/http://www.primeralinea.cl/p4_plinea/site/20021102/pags/19800102063903.html }}</ref>

Fra Colombia, der han arbeidet for ''[[Consejo Episcopal Latinoamericano]]'' (CELAM), avga Cox en uttalelse: ''«Jeg beklager den mørke siden av meg som er i motstrid mot evangeliet»''<ref name=nac20100508>{{cite news |url-status= yes |url= http://lanacion.cl/el-ostracismo-de-monsenor-cox/noticias/2010-05-08/174454.html |title= El ostracismo de monseñor Cox |work= [[La Nación (Chile)|La Nación]] |date= 9. mai 2010 |access-date= 29. mai 2011 |archive-url= https://web.archive.org/web/20100513003924/http://lanacion.cl/el-ostracismo-de-monsenor-cox/noticias/2010-05-08/174454.html |archive-date= 13. mai 2010 |language= es |quote= Pido perdón por este lado oscuro que hay en mí y que se opone al Evangelio. |accessdate= 2023-06-07 |archivedate= 2010-05-13 |archiveurl= https://web.archive.org/web/20100513003924/http://lanacion.cl/el-ostracismo-de-monsenor-cox/noticias/2010-05-08/174454.html }}</ref> (''…Pido perdón por este lado oscuro que hay en mí y que se opone al Evangelio.'')

I juni 2018 varslet Abel Soto til Vatikanets spesialutsendinger som granske overgrepsproblematikken innen den chilenske kirke at han var blitt utsatt for overgrep fra Cox, både som barn i Chillán og som universitetsstudent i La Serena. Han impliserte også Coxs forgjenger i La Serena, erkebiskop [[Bernardino Piñera Carvallo]], for å ha tolerert Cox' oppførsel. Han ga sivile myndigheter samme informasjon i august, og tre andre personer fremla også sine anklager omtrent ved samme tid.<ref name=crux20181008>{{cite news | work = Crux | access-date = 17. oktober 2018 | url = https://cruxnow.com/church-in-the-americas/2018/10/08/archbishop-becomes-latest-chilean-cleric-to-face-abuse-charges/ | title = Archbishop becomes latest Chilean cleric to face abuse charges | first = Inés | last = San Martín | date = 8. oktober 2018 | accessdate = 2023-06-07 | archivedate = 2019-01-28 | archiveurl = https://web.archive.org/web/20190128210320/https://cruxnow.com/church-in-the-americas/2018/10/08/archbishop-becomes-latest-chilean-cleric-to-face-abuse-charges/ | url-status = yes }}</ref>