Redigerer Holocaust i Litauen (avsnitt)

===Molotov–Ribbentrop-pakten===
{{utdypende|Molotov–Ribbentrop-pakten}}
[[Fil:Occupation of Poland 1939.png|mini|Situasjonen etter oppdelingen av Polen (1939) og sovjetisk annektering av Litauen (1940). Tyskland hadde annektert [[Memelland]] i mars 1939 og vises på kartet som den nordlige delen av [[Østprøyssen]] (nord for [[Nemunas|Memel-elven]].]]
[[Fil:The Nazi-soviet Invasion of Poland, 1939 HU106376.jpg|mini|Litauiske styrker på vei mot den tidligere polske byen Vilnius, 29. oktober 1939. Etter den tysk-sovjetiske delingen av Polen fikk Litauen Vilnius som en sovjetisk gest.<ref name="Seim1994" /> {{byline|Imperial War Museums.}}]]
Etter [[Molotov–Ribbentrop-pakten]] inntok Sovjetunionen den da polske byen Vilna (litauisk: [[Vilnius]]) i september 1939. Ved en avtale i oktober 1939 fikk Litauen overta Vilnius mot at Sovjetunionen fikk utplassere {{formatnum:25000}} soldater i landet. I juni–august 1940 ble Litauen annektert av Sovjetunionen som antok at [[Molotov–Ribbentrop-pakten]]s oppdeling av Øst-Europa var permanent. Mange jøder og enkelte etniske litauere ønsket sovjeterne velkommen. [[NKVD]] arresterte og deporterte {{formatnum:35000}} personer 14. juni 1941, om lag halvparten var etniske litauere, resten var jøder og etnisk polske i likt antall. Deportasjonen var traumatisk for landet, og da tyske styrker krysset grensen en uke senere fikk jødene skylden for dette og andre tragedier landet hadde blitt utsatt for.<ref name="MacQueen" /> Andre kilder oppgir at sovjetiske myndigheter deporterte {{formatnum:17000}} til Sibir.<ref name="Voren" />{{rp|27–28}}  

Da de sovjetisk styrkene trakk seg tilbake etter den tyske invasjonen 22. juni drepte NKVD et stort antall fanger (kanskje flere tusen), til dels etter tortur blant annet i Rainiai nær [[Telšiai]].<ref name="Voren" />{{rp|27–28}} Omtrent 10 % av ofrene for det sovjetiske styret var jødiske. De fleste kommunister og medhjelpere for NKVD var etnisk litauere.<ref name=":7" />

Etter den sovjetiske okkupasjonen forlot mange litauere landet til fordel for Tyskland eller tysk-okkupert område. Disse politiske flyktningene utnyttet til dels muligheten ved å følge etnisk tyske baltere som ble omplassert fra sovjetisk- til tyskokkupert område. Tjenestemenn i det litauiske sikkerhetspoliti hadde særlig grunn til flykte før NKVD tok over kontrollen.<ref name="Browning 2004">[[#Browning|Browning (2004)]], s. 269</ref>

Det tyske regimet anså ikke etniske litauere som tilstrekkelig [[Ariere|«ariske»]] og hadde planer om å deportere et stort antall østover etter invasjonen. Frigjort land skulle gi plass til ariske kolonister, blant annet såkalte [[volgatyskere]]. I april 1941 ble en etat for germanisering av Baltikum etablert med [[Alfred Rosenberg]] som leder (''Reichsminister'').<ref name="Voren" />{{rp|64}}