Redigerer Litoměřice (avsnitt)

=== Tredveårskrigen og videre ===
[[Fil:Litomerice Jesuitenkolleg 2.jpg|thumb|Jesuittkollegiet]]
Ved århundreskiftet 1600–1700 var stedet overveiende luthersk. Under tredveårskrigen led befolkningen sterkt under ulike beleiringer, bl.a. saksiske og svenske. Protestantenes nederlag bl.a. i [[slaget på Det hvite berg]] og senere etter tredveårskrigens avslutning, førte til en katolsk dominans i byen. Etableringen av en rekke katolske institusjoner og oppføring av kirkebygg fulgte. 1649 ble det stiftet et [[Kapusinerordenen|kapusinerkloster]] og i den forbindelse ble St. Ludmillakirken (1654–57) oppført. Dominikanerkirken St. Michael ble oppført som nybygg 1672–85.

Giovanni Domenico oppførte den nye domkirken St. Stephan fra 1670, på den gamle kirkens tufter. Den biskopelige residens ble planlagt og oppført 1683–1701 og den jesuittiske Mariakirken fra 1689 til 1731. Jesuittkollegiet ble fullført 1770, tre år før ordenens oppløsning. Wenzelskirken ble oppført 1714–1716.