Redigerer Karlsøy (avsnitt)

=== Naturmiljø og verneområder ===
Havet i området er produktivt med mye tareskog og fisk.{{sfn|Hovden|2023|p=38–40}} I tillegg er det mange grunne strandsoner og lave holmer omgitt av grunne sjøområder. Disse områdene er næringsgrunnlag for lokalt viktige fuglebestander som bruker disse både i [[Hekking|hekkesesongen]] og i [[Fugletrekk|trekk- og vinterperioden]].<ref name=BM /> Det er få menneskelige forstyrrelser. På Nordfugløy og Sørfugløy i Karlsøy kommune finnes noen av Norges største og viktigste [[Fuglekoloni|sjøfuglkolonier]]. Her hekker flere titals tusen [[krykkje]], [[lomvi]] og [[Lunde (fugl)|lunde]]. Andre kystbundne dyr som trives langt ute på øyene og holmene er [[oter]], [[havert]] og [[steinkobbe]]. Migrerende hvalarter som finnes langs kysten i området er [[knølhval]], [[finnhval]], [[spekkhugger]], [[kvitnos]] og [[kvitskjeving]].{{sfn|Hovden|2023|p=38–40}}

[[File:Klump.ziedas1.jpg|mini|[[Marisko]] er blant de sårbare plantene i Karlsøy.]]
[[File:Guillemot (Uria aalge) on water.jpg|mini|[[Lomvi]] er i Norge [[IUCNs rødliste|kritisk truet]] og finnes blant annet i [[Nord-Fugløya naturreservat]] {{byline|Charles J. Sharp}}]]

Den første som undersøkte [[Flora (botanikk)|flora]]en i Troms og Karlsøy var biskop [[Johan Ernst Gunnerus]] i årene 1767 og 1777. På Karlsøya samlet han flere [[Orkidéfamilien|orkideer]], blant annet [[Stortveblad]].<ref>{{ Kilde bok | utgivelsesår = 1979 | tittel = Troms | isbn = 8205114773 | utgivelsessted = Oslo | forlag = Gyldendal norsk forlag | artikkel = Plantelivet | forfatter = Skifte, Ola | url = http://urn.nb.no/URN:NBN:no-nb_digibok_2007061804137 | side = 82}} </ref> Langs øyene er det strandsoner og våtmarksområder med stort mangfold av sjøfugler og andre fuglearter. Det er registrert svært sjeldne fuglearter som [[bronseibis]] og [[svarthalespove]] på Vannøya. [[Ryper|Rype]] og [[hare]] er også tilstede på øyene.{{sfn|Hovden|2023|p=38–40}} 

Det ble utført feltarbeider for å kartlegge bestander og naturtyper i kommunen i 2005 og 2006. Det ble påvist totalt 42 verdifulle [[Naturtyper i Norge|naturtypelokaliteter]] av ulik viktighet. I dette arbeidet ble 4 av områdene vurdert som «svært viktige naturtyper» og 18 vurdert til «viktige naturtyper», mens de resterende vurdert som «lokalt viktige naturtyper». I tillegg er fem områder vurdert som svært viktige for [[biologisk mangfold]], dette gjelder hele Nordkvaløya og Sørfugeløya, ett område helt øst på Karlsøya og [[Dåfjord]] på Ringvassøya. Det ble det påvist 23 [[Norsk rødliste for arter|nasjonalt rødelistede]] planter i kommunen, blant annet [[marisko]], [[smalnøkleblom]], [[brudespore]], [[høstmarinøkkel]] og [[marianøkleblom]]. Videre ble det påvist 22 rødelistede fuglearter, slik som den kritisk truede lomvien, de sårbare artene [[storlom]], [[hønsehauk]], [[krykkje]], [[makrellterne]], lunde og [[dvergspett]]. Tre rødelistede pattedyr som ble registrert var oter, steinkobbe og hevert.<ref name="BM">{{Kilde bok | forfatter = Strann, Karl-Birker, Bjerke, Jarle W, Frovoll, Vigdis og Johansen, Trond V. | redaktør = Strann, Karl-Birger | utgivelsesår = januar 2007 | tittel = NINA Rapport 208 Biologisk mangfold – Karlsøy kommune | utgivelsessted = Tromsø  | forlag = NINA | side = 7–11, 12, 76–80 | isbn = 978-82-426-1768-2 | url = }} </ref>

Kunnskap om reduksjon av naturmangfold i kommunen er mangelfull, noe som skyldes vanskelig tilgjengelige sjøfuglekolonier og at en ikke har gjort regelmessige tellinger over tid. [[Norsk institutt for naturforskning]] antar at reduksjonen er lik den i andre sjøfuglekolonier i Nord-Norge. Det vil si at en antar en drastisk reduksjon i antallet lundefugl, krykkje og lomvi. En regner også med en nedgang for måker og terner.{{sfn|Hovden|2023|p=38–40}}

En regner med at tap av naturmangfold skyldes de faktorene som ellers er vanlige i Norge. Det vil si tap av habitat på grunn av utbygging av boliger, hytter og veier, fremmede arter som [[mink]], [[tromsøpalme]], [[Lupiner|lupin]] og [[sitkagran]], sykdommer som [[fugleinfluensa]], [[lakselus]] og klimaendringer, samt lokal forurensning fra [[fiskeoppdrett]], landbruksavrenning og mindre oljesøl.{{sfn|Hovden|2023|p=38–40}}

[[Tareskog]]en, som er viktig leve- og oppvekstområde for fisk, har blitt redusert på grunn av svært kraftig økning av [[drøbakkråkebolle]]r. Dette tilskrives igjen sterk nedgang i bestandene av [[gråsteinbit]], [[Torsk|kysttorsk]] og [[hyse]].{{sfn|Hovden|2023|p=38–40}}

I kommunen er det elleve [[Områdevern|naturvernområder]] som tilsammen utgjør 11&nbsp;% av kommunens totale areal. {{sfn|Hovden|2023|p=3–4}} Nordfugløya er en [[klippe]]øy og et [[fuglefjell]], hvor [[havørn]] hekker og [[Koloni (biologi)|kolonier]] av [[alke]]r, [[lundefugl]] og [[ærfugl]]. På grunn av fuglelivet er hele øya fredet som naturreservat ([[Nord-Fugløya naturreservat]]).<ref>{{naturbase|VV00000094|Nord-Fugløya naturreservat}}</ref>

[[Flatvær naturreservat]] består av områdene Flatværet og holmer og skjær nord for [[Nordkvaløya]] og området ved Store og Lille Lyngøya og holmer og skjær.<ref>{{naturbase|VV00002319|Flatvær naturreservat naturreservat}}</ref>. [[Kvitvær naturreservat]] består av holmer og skjær nordvest for Grøtøya.<ref>{{naturbase|VV00002327|Kvitvær naturreservat}}</ref> [[Måsvær naturreservat]] Store Måsværet, deler av Lille Måsværet og holmer og skjær.<ref>{{naturbase|VV00002297|Måsvær naturreservat}}</ref> [[Sørfugløya naturreservat]] består av [[Sørfugløya]] og mange holmer og skjær utenfor Rebbenesøya<ref>{{naturbase|V00002318| Sørfugløya naturreservat}}</ref>

I tillegg til de som er nent, er det flere andre naturreservater, samt landskapsverneområdene Nordkvaløya-Rebbenesøya og [[Skipsfjord landskapsvernområde|Skipsfjord]].<ref>{{Kilde www | forfatter= | url= https://www.karlsoy.kommune.no/vernede-omraader-i-karlsoey.412330.no.html | tittel= Vernede områder i Karlsøy | besøksdato= 10. august 2025 | utgiver= Karlsøy kommune | dato =  | format= }}</ref>