Redigerer Humboldt-Universität zu Berlin (avsnitt)

===Etter Tysklands gjenforening===
Etter [[Tysklands gjenforening]] i 1990 gjennomgikk Humboldt-Universität en omfattende reform etter beslutning fra delstatsregjeringen, [[Berlins senat]]. I denne prosessen ble tusenvis av ansatte avskjediget, stillingene utlyst på nytt og en rekke av de mest politiserte instituttene, særlig innen fag som jus, samfunnsvitenskap og filosofi, nedlagt i en prosess offisielt omtalt som ''Abwicklung'' (avvikling) og deretter erstattet av nye institutter.<ref name="Rodden">John Rodden, ''Repainting the Little Red Schoolhouse: A History of Eastern German Education, 1945–1995'', s. 193ff, Oxford University Press, 2002, ISBN 9780195344387</ref> Årsaken var dels at ansettelsene hadde skjedd på rent politisk grunnlag i kommunisttiden og dels at virksomheten ved universitetet i kommunisttiden hadde vært sterkt politisk-ideologisk preget.<ref name="Rodden" /> Nesten alle professoratene ble deretter besatt av vesttyske professorer uten bånd til kommunisme, blant annet mange akademikere som hadde bakgrunn fra Freie Universität. Oppgjøret med kommunisttiden ble gjennomført strengere ved Humboldt-Universität enn ved andre universiteter i det tidligere DDR, bl.a. fordi kommunistregimet hadde ansett universitetet som «juvelen i kronen» blant sine universiteter og fordi [[CDU]]-delstatsregjeringen var fast bestemt på å ta et grundig oppgjør med kommunismen.<ref name="Rodden" /> Tidlig i 1990-årene var det først diskusjon om å nedlegge Humboldt-Universität til fordel for Freie Universität, men regjeringen valgte til slutt å beholde universitetet som egen institusjon og heller gjennomføre en total reform av den.<ref name="Rodden" /> Dermed fremstod Humboldt-Universität fra 1990-årene i stor grad som en ny institusjon forankret i en vesttysk akademisk tradisjon og med liten kontinuitet fra det universitetet som fantes i kommunisttiden.<ref name="Rodden" /><ref>Mechthild Küpper, ''Die Humboldt-Universität. Einheitsschmerzen zwischen Abwicklung und Selbstreform'', Rotbuch Verlag, 1993, ISBN 978-3880221055</ref>

Humboldt-universitetet var et av 14 universiteter som ble utpekt til «eliteuniversiteter» av den tyske regjeringen i 2006 gjennom et program for å fremme «fremragende forskning».<ref name="nature" />