Redigerer Djibouti (avsnitt)

===Demokratisering===
I 1992 ble det vedtatt en flerpartigrunnlov, men begrenset antall partier til fire, hvor FRUD var ett av partiene som ikke ble godkjent, noe som førte til at deler av opposisjonen boikottet valget, og regjeringspartiet RPP vant alle de 65 setene i nasjonalforsamlingen. Gouled vant det første presidentvalget med mer enn én kandidat i 1993 etter å ha blitt gjenvalgt uten motkandidat 1987.

I 1993 brøt det ut nye kamper, blant annet ved en omfattende regjeringsoffensiv i det nordlige og sentrale Djibouti, da FRUDs hovedkvarter ble erobret. 80 000 mennesker fordrevet fra sine hjem som følge av kampene. 1994 ble FRUD splittet, og [[Ali Mohamed Daoud]] ble utpekt til ny leder. Den tidligere lederen [[Ahmed Dini Ahmed]] dannet en rivaliserende organisasjon i [[Addis Abeba]] i Etiopia.

I 1994 kom det i stand fredsforhandlinger mellom regjeringen og FRUD, og som resultat av megling fra [[Frankrike]] ble det inngått en fredsavtale desember 1994, som la grunnlag for å etablere en [[koalisjonsregjering]] og å fordele makt mellom folkegruppene og regionene. FRUD-medlemmer ble gitt [[amnesti]] og medlemmer av [[gerilja]]en ble innlemmet i det nasjonale forsvaret. FRUD forpliktet til gjengjeld å oppgi den militære kampen. Noen sammenstøt fant fortsatt sted 1995–96, men i 1996 ble FRUD legalisert som Djiboutis fjerde politiske parti. FRUD ble splittet på ny, og først i 2000 ble det inngått en endelig fredsavtale. Året etter overga FRUD alle sine våpen til regjeringshæren for destruksjon.

Også i regjeringspartiet RPP fant det sted en avskalling da RPP – Groupe pour la démocratie de la république (RPP-GDR) ble opprettet 1996. Sammen med Parti national démocratique (PND) og Front uni de l'opposition djiboutienne (FUOD) ble opposisjonsalliansen Coordination de l'opposition djiboutienne etablert i 1996 av RPP-GDR.

Ved parlamentsvalget 1997 tok en koalisjon mellom RPP og FRUD samtlige 65 seter. Koalisjonen fikk på ny alle representantene etter valget i 2003. Opposisjonen samlet seg i Union pour une alternance démocratique (UAD). For første gang i landets historie ble det innvalgt kvinnelige parlamentsmedlemmer.

President Aptidon gikk av som president i 1999 i en alder av 83 år etter å ha blitt valgt til en femte periode i 1997. Han ble etterfulgt av sin nevø [[Ismaïl Omar Guelleh]]. Ved presidentvalget i april 2005 ble Guelleh gjenvalgt for en ny 6-års-periode. Det samme skjedde i 2011.

Også etter fredsavtalen med FRUD og under Guelleh har politisk undertrykkelse fortsatt i Djibouti, og flere medlemmer av opposisjonen er blitt tatt i forvaring. Det samme gjelder FRUD-medlemmer deportert fra Etiopia. Også [[fagforeningsleder]]e og [[journalist]]er er tatt i forvaring, aviser er stengt og det er rapportert om bruk av tortur.

Sommeren 2008 gikk [[Eritrea|eritreiske]] styrker inn i Djibouti. Dette førte til en tre dager lang krig som endte med eritreisk tilbaketrekning. Dette førte til sterke internasjonale reaksjoner, og Frankrike økte sin militærbistand til Djibouti.