Redigerer Böhmen-Mähren (avsnitt)

=== Under Heydrich ===
{{se også|Reinhard Heydrich}}
Da [[andre verdenskrig]] hadde brutt ut, ble det tyske regimet enda hardere. Særlig etter 27. september 1941 da [[Reinhard Heydrich]] ble utnevnt til assisterende riksprotektor og i realiteten alenehersker, da han fikk alle de fullmaktene som Neurath hadde hatt. Under Heydrich ble statsminister [[Alois Eliáš]] arrestert og senere henrettet, det tsjekkiske styret ble omorganisert og alle tsjekkiske kulturinstitusjoner og -organisasjoner ble stengt. Gestapo gjennomførte omfattende arrestasjoner og henrettelser. Samtidig ble det organisert deportasjoner av jøder, og den tidligere festningsbyen [[Theresienstadt konsentrasjonsleir|Terezín]] ble omgjort til en [[ghetto]] for jødiske familier. 4. juni 1942 døde Heydrich etter de skadene han fikk under aksjonen mot ham fra den tsjekkiske motstandbevegelsen. Heydrichs etterfølger, generaloberst [[Kurt Daluege]], beordret massearrestasjoner og henrettelser, samt fullstendig utslettelse av landsbyene [[Lidice]] og [[Ležáky]].

I 1943 økte de tyske krigskravene, og under [[Schutzstaffel|SS]] [[Obergruppenführer]] og politigeneral [[Karl Hermann Frank]], som fra 20. august 1943 hadde vært tysk statsminister for Böhmen-Mähren, ble rundt {{formatnum:350000}} tsjekkiske arbeidere tvangssendt til Tyskland. Innen protektoratet ble all industri som ikke var krigsrelatert forbudt.

I dagene [[30. april]] til [[1. mai]] [[1945]] gjentok Frank over radio kunngjøringen om at han ville drukne ethvert opprør i en «sjø av blod».  Situasjonen i Praha var ustabil og usikker, samtidig som det var kjent at [[Den røde armé]] nærmet seg byen fra flere kanter. Videre var det kjent at befolkningen var klar til opprør mot okkupasjonsmakten.

Protektoratet opphørte da Praha falt som følge av [[Praha-offensiven]] som ikke ble avsluttet før 11. mai 1945, på et tidspunkt da kampene for øvrig var avsluttet i Europa.