Redigerer Samisk historie i tidlig moderne tid (avsnitt)

=== Misjonering etter reformasjonen ===
I løpet av 1500-tallet ble det oppført en rekke kirker langs kysten av Nord-Norge. En mener at det ble reist 36 kirker i Nord-Norge før 1589. Den ortodokse kirke fikk også satt opp kirker, slik at det på denne tiden var fire russisk ortodokse kirker ved kysten ut mot Nordishavet hvor russerne hevdet territorium. Spesielt var det viktig for Christian IV å få kristnet samene. I 1602 fikk han reist en kirke i Tysfjord der samene ble undervist på samisk. Mellom 1700 og 1750 ble det ytterligere bygget åtte kirker i innlandet i Nord-Norge, fortrinnsvis ved innsjøer og elver. I Sverige ble det satt opp 23 kirker i Nord-Sverige og i Finland, samt at også svenskene fikk satt opp noen kirker i områder som i dag er del av Finnmark.{{sfn|Kent|2018|p=85–90}} Kirkebyggingen i Nord-Sverige var ikke bare religiøst motivert, men også politisk. Kirkene skulle sikre de svenske kongenes makt over samene, men også motstå innflytelse fra Danmark-Norge. Noen kirker ble bygget i Finnmark for å gjøre hevd over de dansk-norske territoriene der.{{sfn|Kent|2018|p=90–94}}

I Sverige kom misjoneringen ikke ordentlig i gang før etter reformasjonen, men først med kong [[Karl IX av Sverige|Karl IX]] (1550–1611) ble kirken rundt 1600 mer permanent organisert i samenes områder. Et tiltak var etableringen av to skoler for utdanning av samegutter, først i [[Piteå]] i 1614, deretter i [[Lycksele]] i 1631. På denne tiden ble det også laget samiskspråklige skolebøker.{{sfn|Hansen og Olsen|2004|p=315–337}} Det ble bygget små kapeller i Piteå og Luleå lappmarker sendt på 1500-tallet, senere ble det satt opp kapeller på samenes vinterbosteder i [[Lycksele]], Hetta, [[Jukkasjärvi]], [[Arvidsjaur]] og [[Arjeplog]], samt i forbindelse med gruvevirksomheten i [[Nasafjellet]].{{sfn|Kent|2018|p=90–94}} Andreas Petri Lundius (omtrent 1595–1665) var den første samiske presten i Sverige. Han ble tilsatt som pastor i Arvidsjaur i 1640.{{sfn|Lindmark & Sundström2016|p=295–297}}

Den russiks-ortordokse kirken ble reorganisert som en nasjonal kirkeorganisasjon i 1489, noe som også førte til et oppsving i misjonsvirksomheten blant samene. Den russiske misjonen var organisert slik at munker etablerte nye klostre inne i samiske områder, hvor de bosatte seg og drev forkynnelse. I russiske områder ble det også bygget kapeller, spesielt er det kjent at det i 1560-årene ble etablert kapeller i Borris-Gleb og Neiden. Disse etableringene hadde en statspolitisk hensikt, da en ville unngå at østsamene ble påvirket av vestkirken.{{sfn|Hansen og Olsen|2004|p=315–337}}

Den første kirken på samisk område i Finland, ble reist i 1607, i Márkan i nærheten av [[Enontekis]]. Etableringen var del av en politisk strategi som kong [[Karl IX av Sverige|Karl IX]] (1550–1611) stod bak, som gikk ut på å øke dominansen i svensk Lappland. Rovaniemi var et av de første stedene der alle samer ble kristnet. På midten av 1700-tallet var også samene i Kemi Lappland gått over til kristendommen. Samene hadde da forlatt sin nomadiske livsstil, startet jordbruk og tatt til seg finsk som språk. Det meste av den samiske kulturen hadde dermed forsvunnet.{{sfn|Kent|2018|p=94–102}}

I siste del av 1600-tallet var det sannsynligvis en del samer som hold fast med sin gamle religion, mange hadde gått over til kristendommen, mens en del vekslet mellom begge. Kirken og myndighetene var oppbrakt over tilstanden og satte i gang en omfattende misjonering, først i Sverige i 1680-årene og i Danmark-Norge i 1710-årene. I den svenske kirken var den [[Luthersk ortodoksi|lutherske ortodoksien]] tatt inn i kirkeloven av 1686. Det som ble lagt vekt på i de svenske kirkene var gudstjenesten, med forkynnelse og moralsk veiledning. Gudstjenestene ble obligatoriske og skofting kunne gi straff. I Danmark-Norge var pietismen en viktig åndsretning, og kirken la derfor vekt på utvikling av personlig religiøs bevissthet og inderlighet i troen. Derfor mente en at forkynnerne måtte snakke samenes språk, og i tillegg kjenne samisk opprinnelig religion. Den pietistiske strømningen fikk betydning i Sverige først i 1690-årene. Og fra da av samarbeidet norske og svenske misjonærer og prester.{{sfn|Hansen og Olsen|2004|p=315–337}}{{sfn|Fjellström|1985|p=77–80}} 

I forbindelse med misjoneringen blant samene kom spørsmålet om hvilket språk som skulle brukes. Temaet kom opp på begynnelsen av 1700-tallet og var et stridsspørsmål til midten av 1800-tallet. Spørsmålet var kun aktuelt i Danmark-Norge, i de russiske, finske og svenske områdene foregikk misjoneringen for det meste på samisk. Flere ledende prester mente at samene måtte undervises av misjonærer som snakket samisk, samisk ble derfor benyttet i nokså stort omfang.{{sfn|Hansen og Olsen|2004|p=315–337}} Fra 1774 ble prestene pålagt å lære samene kristendom på norsk, men det var heller ikke noe formelt forbud mot bruk av samisk.{{sfn|Andresen, Evjen og Ryymin|2021|p=107–111}}

En del samer tar lang utdannelse og ble embetsmenn. Den første same med geistilig utdannelse var Gerhardus Jonæ som på slutten av 1500-tallet ble sogneprest i Skellefteå. Disse embetsfolkene er de første samene som etterlot seg skriftlige kilder om samiske forlhold.{{sfn|Helander|1990|p=15–20}}