Redigerer Vy (avsnitt)

===Trafikk===
Ved etableringen tok selskapet over all rutegående togtrafikk fra de gamle Statsbanene, med persontog under NSB Persontrafikk og godstog under NSB Gods som tidligere. I april 1999 lanserte NSB nye merkevarer for persontrafikken, der [[lokaltog]] skulle bli markedsført som NSB Puls, [[regiontog]] som NSB Agenda og [[fjerntog]] som NSB Signatur.<ref name="nsb1999-04-22" /> 1. juli samme år ble persontrafikken omorganisert med separete resultatenheter for de forskjellige togtypene. I Sør-Norge ble lokaltogene (Puls) lagt til NSB Kortdistanse, regiontogene (Agenda) til NSB Mellomdistanse og fjerntogene (Signatur) til NSB Langdistanse, mens NSB Persontrafikk Nord i Trondheim skulle ha ansvar for alle typer persontog med dieselmateriell.<ref name="nsb1999-05-31" /><ref name="årsrapport1999-utdrag" /> 1. januar 2002 ble all trafikk i NSB Gods overført til det nyetablerte datterselskapet [[CargoNet]]. I februar 2003 valgte man å gå bort fra de forskjellige merkevarene og samle alt under NSB Persontog.<ref name="årsrapport2003" /> Siden da har lokaltogene blitt omtalt som NSB Lokaltog, mens regiontog og fjerntog har blitt omtalt som NSB Regiontog.<ref name="årsrapport2004" />

NSB og Samferdselsdepartementet inngikk 4. januar 2012 avtale om statens kjøp av persontransporttjenester fra NSB for årene 2012–2017, der strekninger, rutefrekvens og mange andre forhold er regulert.<ref>[http://www.regjeringen.no/nb/dep/sd/tema/jernbane_og_jernbanetransport/kjop-av-persontransporttjenester.html?id=449035 ''Kjøp av persontransporttjenester.'' Samferdselsdepartementets hjemmeside, uten dato.] (besøkt 5. januar 2012)</ref>

9. desember 2012 var det en omfattende endring av lokal- og regiontogruter i Oslo-området i samarbeid med [[Ruter]]. Alle ruter ble lagt om for å få mest mulig hensiktsmessig bruk av sporkapasiteten og forutsigbare rutetider. I tillegg ble rutenumrene totalt endret ved at man fikk en prefiksbokstav for å kunne skille lokaltog og regiontog, og antall siffer i rutenummeret angir rutetype.<ref name="nrkost2012-12-03" /> Det ble en ytterligere endring ved ruteskiftet 14. desember 2014, da regiontogene som hadde gått Skien–Lillehammer ble splittet opp til å gå Skien–Eidsvoll og Drammen–Lillehammer med togbytte i Oslo. I tillegg ble lokaltogene på Trønderbanen forlenget sørover til Melhus og Lundamo, mens antall avganger på Sørldandsbanen ble doblet.<ref name="nsb2014-12-11" />