Redigerer Samisk historie i tidlig moderne tid (avsnitt)

=== Kalmarkrigen, Hannibalfeiden og endelig avklaring i 1658 ===
[[File:Wojna Kalmarska 1611 ubt.jpeg|mini|Kalmarkrigen var en strid mellom Danmark-Norge og Sverige i 1611–1613 på grunn av Sveriges forsøk på å bryte Danmarks monopol på handelen med Russland og uenigheter om herredømme over Finnmark.]]

I 1590-årene gjorde Danmark-Norge og Sverige-Finland en stor innsats for å få oversikt over den samiske befolkningen, deres næringsveier og mulighet for skattlegging. Begge statene gjorde også det de kunne for å få styre forvaltningen og militære på Nordkalotten. I Sverige ble det opprettet et eget [[stattholder]]embete for Lappmarken, det ble også opprettet egne [[fogd]]er for å ha oppsyn med laksefiske i [[Altaelva]] og [[Tana (elv)|Tana]]. Svenske myndigheter forsøkte å få etablert kirker der samene hold til, ikke bare i innlandet, men også på kysten i [[Alta]] og [[Tysfjord]]. Dansk-norske myndigheter gjorde hva de kunne for å forhindre dette, og som mottrekk fikk de selv reist en kirke i Tysfjord. Et annet tiltak var at [[Lensherre]]ne, først [[Hartvig Knudssøn Bille|Hartvig Bille]] (omtrent 1575–1649) og [[Claus Urne]] (1561–1606), samt senere etterfølgere, skulle ha fast opphold i landsdelen slik at de kunne følge utvikling. For å markere suvereniteten dro Kong [[Christian IV av Danmark og Norge|Christian IV]] på reise helt opp til Finnmark og østover langs Kolakysten.{{sfn|Hansen og Olsen|2004|p=237–280}}

Sverige-Finland og Russland kom til en avklaring i 1595 med [[Freden i Teusina]] (i Estland) etter at de hadde ligget i krig siden 1572. I fredsavtalen som ble inngått måtte Sverige begrense sine ambisjoner i nordøst og avstå fra å kreve [[Kolahalvøya]] som sitt terriotorium. Imidlertid fikk de gjennombrudd for en ishavslinje, slik at den svensk-russiske grenselinjen skulle trekkes ut mot et punkt litt øst for Varanger. Etter denne avtalene ble det slutt på at Russland skulle skattlegge [[Sjøsamer|sjøsamene]] vest for Varanger, samene i Kemi lappmark og i indre strøk av Finnmark.{{sfn|Hansen og Olsen|2004|p=237–280}}

De videre konfliktene om Nordkalotten stod etter 1595 mellom Danmark-Norge og Sverige. Landene hevdet i 1610-årene sine territorielle krav ved retten til å skattlegge sine undersåtter og i dette området dreide det seg om samene. Konkret betydde dette en skjerpet strid om skattlegging av sjøsamene. Landene hadde også forhandlinger om grensene, hvor de hevdet sine prinsipper for kravene. Svenske la vekt på tradisjonelle regler for skattelegging, mens en fra dansk-norsk side viste til den gamle oppfatningen om at grensen mellom landene gikk ved [[Kjølen]], altså fjellryggen mellom Sverige og Norge. Imidlertid flater landskapet mellom landene ut i Nord-Troms og Finnmark. Dermed brukte de danske forhandlerne argumentet om at «alder tids bruk» måtte være avgjørende. Kravene var vidt forskjellige, og landene trappet opp militært. Det ble etablert et fort i Altafjorden og foretatt spredte tiltak med tvangsevakuering av sjøsamene vekk fra fjordområdene.{{sfn|Hansen og Olsen|2004|p=237–280}}

Det som avgjorde grensekonflikten var [[Kalmarkrigen]] som varte fra 1611 til 1613,{{sfn|Hansen og Olsen|2004|p=237–280}} med den etterfølgende [[Freden i Knærød]].{{sfn|Pedersen|1994|p=27–28}} Selv om krigen mellom Danmark-Norge og Sverige handlet om grensene på Nordkalotten, skjedde den militære konflikten i Sør- og Midt-Skandinavia. Krigen ende med at Danmark-Norge ble den seirende part, og fikk uinnskrenket rettighet til kysten og fjordene i Nord-Norge. Sjøsamene ble etter dette regnet som nordmenn. Grenselinjene i innlandet kom en ikke til enighet om, heller ikke i de senere krigene som fulgte på 1600-tallet. Dermed ble samene i disse områdene fortsatt skattet av begge statene. Enighet om disse grensene greide en ikke å bli enige om før lang ut på 1700-tallet.{{sfn|Hansen og Olsen|2004|p=237–280}} Etter 1613 var kyst- og fjordområdene i Finnmark for første gang kun underlagt dansk-norske myndigheter.{{sfn|Andresen, Evjen og Ryymin|2021|p=81–82}}

Etter at kong [[Gustav II Adolf av Sverige|Gustaf Adolf II]] (1594–1632) i 1613 måtte oppgi sine krav på de Nord-Norske områdene fra Tysfjord til Varanger, ble også kirkens aktivitet i området redusert. Inntektene fra skatt falt mer eller mindre bort da samene kom under dansk-norsk styre. Dermed mistet kirken en stor del av finansieringen. Mange samer som hold til i svenske områder flyttet over til Norge for å slippe unna økte skatter. Samene i Sverige opplevde også sviktende næringsgrunnlag fordi både fiske og jakt gikk dårlig, dermed fremstod de norske områdene som attraktive av flere grunner. Imidlertid gikk det bedre for de svenske myndighetene fra rundt 1666 da flere gruvevirksomheter ga inntekter. Dermed kunne kirken igjen få finansiert sin virksomhet og gjenvinne sin autoritet blant samene.{{sfn|Kent|2018|p=94–102}}

Etter 1612 ble samene på Kolahalvøya i praksis frigjort fra beskatning fra Danmark-Norge, men måtte betale skatt til Russland. Danmark-Norge mente at de fortsatt [[de jure]] (rent formelt) hadde rett til skattlegging av samene på Kola helt frem til 1813. Norske embetsfolk reiste til Kola (eller Malmis som det ble omtalt) hvert tredje år ved nyttårstider for å fremme disse kravene. I praksis var disse reisene en rent diplomatisk formalitet med stor festivitas.{{sfn|Kent|2018|p=23–29}}

Etter [[Hannibalfeiden]] mellom Sverige og Danmark-Norge fra 1643 til 1645, der Danmark-Norge led nederlag, ble [[Jämtland]] og [[Herjedalen]] avstått til Sverige.{{sfn|Berg|2003|p=63}} Som en del av fredsslutningen etter de påfølgende stridighetene, kjent som [[Karl Gustav-krigene]], kom [[Freden i Roskilde]] i 1658. Sverige fikk med denne fredsslutningen fri tilgang til verdenshavene ved at hele kysten fra Svinesund til Øresund, og rundt Skåne, ble svensk territorium. Heretter mistet Sverige interessen for å bemektige seg Nord-Norge.{{sfn|Pedersen|1994|p=27–28}} Denne grensen fikk ikke større praktiske konsekvenser, men mange år senere fikk Norge og Sverige endelig trukket opp en grense av stor betydning for samene.{{sfn|Berg|2003|p=63}}