Redigerer Republikken Zamboanga (avsnitt)

===Amerikansk okkupasjon===
General Álvarez' styre ble kort på grunn av at Isidro Midel, kommandanten av Tetuan, en [[barangay|barrio]] av Zamboanga, samarbeidet med amerikanerne i bytte mot å få overta presidentvervet med sin kohort Datu Mandi. Han besørget så at major Melanio Calixto ble drept. Calixto var fungerende kommandant i Zamboanga mens Álvarez var på et besøk til øya [[Basilan]] for å rekruttere flere styrker. Den 16. november 1899 heiste Midel det hvite flagg over Fort Pilar for å signaliserte at de amerikanske okkupasjonsstyrker at det var fritt frem for dem å rykke inn i festningen når de så ville. Dermed var Álvarez' regjering styrtet. Álvarez og hans forbundsfeller måtte flykte til småbyen Mercedes <ref>Senere en [[barangay]] i Zamboanga City</ref> ikke langt unna, og deretter til Basilan, og der gikk de i skjul.<ref name=Foreman/>{{rp|532}} I desember 1899 kom kaptein Pratt fra det amerikanske 23. infanteri til Zamboanga og tok over Fort Pilar.<ref>[http://www.clusterflock.org/2006/12/altissimo_recordings.html History of the 23rd U.S. Infantry]</ref> Deretter ble den unge republikk et amerikansk protektorat, eller en marionettregjering med Midel som marionettpresident for om lag seksten måneder.