Redigerer PCR (avsnitt)

== Prinsipp ==
Den doble DNA-tråden denaturerer og splittes i to enkelttråder ved temperaturer omkring 93-98°C. Dette gjør det mulig å få tilgang til sekvensen som ellers ligger gjemt inne i dobbelttråden. Primere, som er designet av brukeren og tilsettes i reaksjonen, kan binde til ønsket sekvens i DNA. Et enzym kopierer sekvensen, normalt ved 72°C. Deretter denatureres DNA igjen, og dette gjentas 15-30 ganger for å få ønsket mengde kopier av DNA-fragmentet. PCR foregår i spesielle maskiner som justerer temperaturen automatisk ut fra et forhåndslaget program.

Kopieringen av DNA ved PCR skjer eksponentielt. Fra hvert templat oppstår det to kopier, som i sin tur et opphavet til to nye kopier og så videre.

=== Kort om DNA ===
DNA består av to tråder med basepar som er komplementære til hverandre. Det betyr at en sekvens i den ene tråden har en "negativ" motsats i den andre. Dette er mulig på grunn av at basene danner par i fastsatte mønstre: [[adenin]] (A) pares med [[tymin]] (T), og [[guanin]] (G) med [[cytosin]] (C).

=== DNA polymerase ===
DNA produseres av enzymet [[DNA polymerase]]. For at polymerasen skal kunne syntetisere nytt DNA er den avhengig av tre ting: en kodende sekvens som fungerer som templat, en startsekvens som er koplementær til templatet, og tilgang på frie [[nukleotid]]er (A, T, G og C bundet til karbohydratet deoksyribose og en fosfatgruppe).

==== Polymeraser i PCR ====
Vanligvis opererer enzymer best ved relativt lave temperaturer, typisk 15-40°C. Ved temperaturer høyere enn dette vil de vanligvis denatureres og miste form og funksjon. Siden PCR-reaksjoner foregår ved opp mot 100°C, vil vanlige polymeraser være ubrukelige. I PCR tilsettes derfor polymeraser fra termofile bakterier som finnes i varme kilder og andre steder med ekstreme temperaturer og temperatursprang. Tidligere var det DNA polymerasen fra ''Termofilus aquaticus'' som var mye brukt, men etter hvert har en rekke andre polymeraser kommet på markedet fra kommersielle aktører.

=== Primere - starten på det hele ===
Genomisk DNA kan være enormt og bestå av flere millioner eller milliarder basepar. For å kunne finne det riktige genet trenger man en [[primer]]. Dette er korte DNA-fragment på 15-30 basepar som er koplementære til sekvensen man er ute etter og dermed er i stand til å binde til den kodende tråden. I en PCR-reaksjon trengs to primere, kalt primerpar; en i starten på genet (forward primer) og en i slutten (revers primer). Når primerne binder til templatet kan polymerasen syntetisere nytt DNA. Design av primere er viktig for utbyttet av PCR-reaksjonen. Ikke bare må de binde til riktig sekvens, men de må også ha rett smeltetemperatur og lengde for å kunne binde til riktig DNA-sekvens.

[[Fil:pcr.png|thumb|'''Figur 1''' Skjematisk framstilling av prinsippet bak PCR. 1: Denaturering ved 93-98°C. 2: Primerbinding, eller annealing, ved ca. 55°C. 3: Elongation, der DNA syntetiseres av DNA polymerase. 4: Slutten på første syklus, med to nye DNA-tråder som resultat. Disse fungerer så som templat for neste syklus.]]