Redigerer Böhmen-Mähren (avsnitt)

=== Under Neurath ===
Befolkningen ble mobilisert for nytteinnsats for det tyske krigsmaskineri, og det ble opprettet egne kontorer for overoppsyn med den delen av industrien som var viktig i dette. Tsjekkiske arbeidere ble tvangsutskrevet for å arbeide i kullgruver, jern- og stålindustrien og i våpenindustrien, og noen unge ble også sendt til Tyskland. Produksjonen av dagligvarer rettet inn for det tyske militære behovet, og underlagt streng [[rasjonering]] for tsjekkerne.

I de første månedene av den tyske okkupasjonen var styret ikke så strengt og Hácha, sammen med store deler av det tidligere politiske apparatet, fortsatte, i hvert fall i navnet. Gestapos aktiviteter var hovedsakelig rettet mot tsjekkiske politikere og [[intelligentsia]], og den tyske målsettingen var å utrydde den tsjekkiske nasjon gjennom assimilering, deportasjoner og utryddelse av den tsjekkiske intelligentsia; den intellektuelle eliten og middelklassen utgjorde en stor del av de {{formatnum:200000}} tsjekkere som ble sendt til [[konsentrasjonsleir]]e og de til sammen {{formatnum:250000}} tsjekkere som ble drept under den tyske okkupasjonen.<ref>Universities in the nineteenth and early twentieth centuries (1800–1945)Walter Rüegg Cambridge University Press (28. oktober 2004) side 353</ref> 

Under [[Generalplan Ost]] ble det antatt at rundt halvparten av tsjekkerne ville kunne passe for germanisering og den tsjekkiske intellektuelle eliten skulle bli fjernet ikke bare fra de tsjekkiske områdene, men fra Europa fullstendig. Forfatterne av Generalplan Ost mente en emigrasjon til andre kontinenter ville være det beste, da selv i [[Sibir]] ville de kunne utgjøre en trussel mot tyskerne. Akkurat som med jøder, polakker, serbere og andre nasjonaliteter ble tsjekkerne ansett som undermennesker innenfor den [[Nasjonalsosialisme|nasjonalsosialistiske]] tenkningen<ref>[https://archive.today/20120527021449/http://www.dac.neu.edu/holocaust/Hitlers_Plans.htm HITLER'S PLANS FOR EASTERN EUROPE Selections from Janusz Gumkowkski and Kazimierz Leszczynski POLAND UNDER NAZI OCCUPATION]</ref>

De tyske tiltakene skapte stor motstand og det ble opptøyer og demonstrasjoner, med dødelig utgang. 17. november 1939 ble alle universiteter og høyskoler stengt, ni studentledere ble henrettet og flere hundre studenter sendt til konsentrasjonsleirer i Tyskland.

[[Nürnberglovene]] ble innført straks etter okkupasjonen. Jøder kunne emigrere fra protektoratet inntil september 1939 da krigen begynte. [[Adolf Eichmann]], Heydrichs ekspert på jødesaker, hadde tilsyn med politikken overfor jødene i protektoratet. I 1940 ble jødenes identitetskort stemplet med «J» og Neurath bestemte i august 1941 at alle jøder over seks skulle bære en gul stjerne på yttertøyet. I 1939 ble styringen av protektoratet strammet kraftig til sammenlignet med den milde styringen året før. Motstandsbevegelsen rekrutterte blant annet fra idrettsforeninger. De tre ikke-kommunistiske motstandsgruppene slo seg i 1940 sammen under en felles ledelse, ÚVOD. Motstandsarbeidet hadde ikke særlig omfang før [[invasjonen av Sovjetunionen]] i juni 1941 og kommunistene var tidligere paralysert av [[Molotov–Ribbentrop-pakten]].{{Sfn|Gerwarth|2011|s=220}}
[[Fil:Bundesarchiv Bild 146-1972-039-44, Heydrich-Attentat.jpg|mini|Heydrichs bil etter angrepet]]