Redigerer Den eritreisk-etiopiske krig (avsnitt)

== Deportasjoner ==
Etter krigsutbruddet i mai 1998 ble innbyggere med tilknytning til motparten deportert fra både Etiopia og Eritrea. Myndighetene i begge land begrunnet deportasjonene med at motpartens borgere utgjorde en sikkerhetsrisiko i den daværende konfliktsituasjonen, men dette var i forbindelse med systematisk beslagleggelse av deres eiendeler. Det har blitt oppgitt at det var omtrent 500&nbsp;000 etiopiere med eritreisk bakgrunn i Etiopia og over 110&nbsp;000 etiopiere i Eritrea i mai 1998.

Mellom 50&nbsp;000 og 77&nbsp;000 eritreere bosatt i Etiopia som hadde fått eritreisk statsborgerskap etter 1993, i tillegg til sine etiopiske statsborgerskap, ble deportert fra midten av 1999. Med dette hadde systematiske deportasjoner av sivilbefolkning mellom statene startet, noe som skulle fortsette lenge etter opphøret av stridighetene. Fra juni 1998 frem til 2002 var opptil 75&nbsp;000 etiopiske sivilister med eritreisk bakgrunn deportert av myndighetene med stempelet «Utvist uten mulighet for retur» på sine reisepapirer. De ble deportert etter at deres eiendeler var konfiskert av den etiopiske staten. Flertallet av de deporterte var velstående etter den lokale levestandarden. I senere tid hevdet etiopiske myndigheter at deportasjonene foregikk som et ledd i familiegjenforening med tidligere deporterte. 

Som gjengjeldelse startet de eritreiske myndighetene et «repatrieringsprogram» med de gjenværende etiopierne i Eritrea. Fra august 1998 til januar 1999 hadde 21&nbsp;000 etiopierne gått frivillig hjem fra sitt arbeid i havnebyen Assab. Rundt 7&nbsp;500 etiopiere som bodde i Eritrea ble internert i interneringsleirer, og tusenvis ble tvangsflyttet om de ikke klarte å betale en avgift på 1000 ''birr'' til myndighetene. Mellom 60&nbsp;000 og 130&nbsp;000 etiopiere ble deportert til Etiopia i flere år av eritreiske myndigheter før de i 2009 erklærte «repatrieringsprogrammet» avsluttet. Under krigen var etiopierne ved flere anledninger utsatt for hatforbrytelser som respons på krigens utvikling i Eritrea.