Redigerer Reinhard Heydrich (avsnitt)

===Østfronten===
{{se også|Operasjon Barbarossa|Einsatzgruppen}}
Før invasjonen av Sovjetunionen i juni 1941 satte Heydrich og [[Bruno Streckenbach]] opp fire Einsatzgrupper som skulle følge bak hver sin armegruppe inn i de erobrede områdene. Lederne ved invasjonstidspunktet var de høyere SS-offiserene [[Franz Walter Stahlecker]], [[Arthur Nebe]], [[Otto Rasch]] og [[Otto Ohlendorf]]. Ledelsen av Einsatzgruppene med underenheter var dominerte av velutdannede, relativt unge menn fra RSHA. I mai og juni 1941 ble mannskap til enhetene samlet ved politiskolen i [[Pretzsch]] der Heydrich kom på besøk mange ganger før invasjonen 22. juni.{{sfn|Gerwarth|2011|s=187}} For Heydrich var invasjonen slutten på en frustrerende periode der SD/Sipo fikk utrettet lite i Vest-Europa og der befolkningsituasjonen i Polen forble uløst.{{sfn|Gerwarth|2011|s=193}}

Himmler samlet toppledelsen i SS 11. juni i et slott nær [[Paderborn]]. Til stede var Heydrich, Kurt Daluege, [[Karl Wolff]], [[Hans-Adolf Prützmann]], [[Erich von dem Bach-Zelewski]] og [[Friedrich Jeckeln]]. Tema for møtet var blant annet demografisk omkalfatring av Europa og Himmler nevnte at man måte regne med 30 millioner døde i Øst-Europa. Ifølge Gerwarth var de klar over at de snart ville gå i gang med en rasemessig motivert utryddelse i et omfang ingen hadde sett tidligere.{{sfn|Gerwarth|2011|s=187}}

Einsatzgruppene innledet den første fasten av holocaust ved massakre på sivile i alle erobrede områder av Sovjetunionen straks etter invasjonen. I begynnelsen ble voksne jødiske menn henrettet hundrevis eller tusenvis om gangen.<ref name="Kwiet" /> Til forskjell fra det okkuperte Polen var samarbeidet med Wehrmacht godt og det var ikke omfattende klager over Einsatzgruppenes framferd. Heydrich instruerte lederne i Einsatzgruppene om å ikke hindre massakrer initiert av lokalbefolkningen.{{sfn|Gerwarth|2011|s=192}} Såkalte politiske kommissærer skulle henrettes på stedet, men Heydrich sørget for forhør i regi av SD og Abwehr før de ble henrettet. På grunn av den raske tyske fremrykkingen ga Heydrich instrukser for Sipos virke når Moskva ventelig raskt ville bli okkupert.{{sfn|Gerwarth|2011|s=193}}

[[Alfred Rosenberg]] ønsket å administrere de okkuperte områdene gjennom fire sivile rikskommissærer. Heydrich så disse som rivaler til RSHA og til protest fra Rosenberg ville Heydrich ha myndighet til å instuere den sivile administrasjonen i politisaker. Dessuten anså Heydrich at folk som [[Erich Koch]] og [[Hinrich Lohse]] var uegnede som sivile administratorer.{{sfn|Gerwarth|2011|s=194}}