Redigerer Motreformasjon og religionskrig (1556–1648) (avsnitt)

==== Epistemologi og vitenskap (1572–1650) ====
<gallery class="center">
Tycho Brahe.JPG|[[Tycho Brahe]] var en av de første store astronomer, og han startet et paradigmeskifte innen faget.{{byline|type=Malt av:|Eduard Ender}}
Johannes Kepler 1610.jpg|[[Johannes Kepler]] skapte langt større forståelse for planetenes baner, og han var også dyktig innen andre felter innen naturvitenskapen.{{byline|type=Malt av|Ukjent kunstner}}
Francis Bacon, Viscount St Alban from NPG (2).jpg|[[Francis Bacon]] var en av de første med en vitenskapelig og empirisk tilnærming til kunnskap .{{byline|type=Malt av| John Vanderbank }}
Descartes-moncornet.jpg|[[René Descartes]] var en rasjonell tenker og uenig med Bacon, men brøt likevel med standard verdensforståelse.{{byline|type=Malt av:|Balthasar Moncornet}}
Galileo.arp.300pix.jpg|[[Galileo Galilei]] var den matematiske fysikkens og mekanismens far, og en av verdenshistoriens største vitenskapsmenn. {{byline|type=Malt av|[[Justus Sustermans]]}}
</gallery>
Vitenskapen tok store skritt i perioden. Et av de tidligste tilfellene var i Danmark, der [[Tycho Brahe]], en i utgangspunktet alkymist, oppdaget en rekke uregelmessigheter innen himmellegemene. I 1572 oppdaget han at noe som skulle være en forstyrrelse i himmellegemet i realiteten var en stjerne, nærmere bestemt en [[supernova]]. Han oppdaget fem år senere at en komet beveget seg rundt månen. Dette betydde at [[Aristoteles]]' verdensbilde, der himmellegemene var stille, ikke stemte. I tillegg til dette, sto Brahe bak banebrytende instrumenter han selv designet.<ref>[https://www.space.com/19623-tycho-brahe-biography.html Tycho Brahe biography] - Space.com</ref> En svært lovende tysk astronom med stilling i [[Graz]], [[Johannes Kepler]], spurte Brahe om hjelp, og fikk i stedet komme til Brahes observatorium [[Uranienborg (observatorium)|Uranienborg]] på [[Ven]] i Øresund. Der fikk Kepler som oppgave å finne ut av planeten [[Mars (planet)|Mars]]' uregelmessige bevegelser. Kepler kalkulerte med at planetene ikke gikk i sirkler, men i elipser rundt solen. Kepler gjorde også store skritt innen optikk, blant annet ved å forstå hvordan begge øynene skapte dybdesyn.<ref>[https://www.space.com/15787-johannes-kepler.html Johannes Kepler] - Space.com</ref> Både Brahe og Kepler hadde lånt mye fra obserasjonene til [[Nikolaus Kopernikus]] nesten hundre år tidligere. Kopernikus var en kannik, og hadde kirkens beskyttelse. Kirken hadde store kunnskaper innen astronomi, og i 1582 ble pavebullen ''Inter gravissimas'' spredt. Her korrigerte pave [[Gregor XIII]] den julianske kalenderen - den korrigerte kalenderen ble oppkalt etter ham.<ref name="vitrev" /> Viktigst av vitenskapsmennene i denne perioden var likevel sannsynligvis [[Galileo Galilei]] (1564–1642), som regnes som grunnleggeren av den matematiske fysikken og den moderne mekanikken.<ref name="vitrev" /> En rekke av Galileis oppdagelser innen fysikk, inkludert treghetsloven om at lette og tunge legemer faller like fort dersom de påvirkes likt av andre krefter, var banebrytende og forut for oppdagelsen av tyngdeloven som kom senere i århundret.<ref>Erik Tronstad: [http://www.romfart.no/sitater/tekst/s/sitatgalileigalileo.asp Galileo Galilei (1564-1642)] {{Wayback|url=http://www.romfart.no/sitater/tekst/s/sitatgalileigalileo.asp |date=20200127204712 }} - Norsk Astronautisk forening</ref>

Dette var imidlertid slutten på et uproblematisk samkvem mellom kirke og vitenskap. Den teologiske verdensforståelsen fikk først skudd for baugen av filosofen [[Francis Bacon]] (1561–1626). Bacon mente at konklusjonen skulle komme ''etter'' studiene, i stedet for at studiene underbygget konklusjonen. Bacon var dermed en empirist, som mente at fakta skulle tale, ikke konklusjonen. På denne måten var sikkerheten om hvordan verden var, som var del av det teologiskeverdenssyn, ikke pålitelig.<ref name="vitrev">Side 393-97, Fuglestad.</ref> Et motsatt syn hadde [[René Descartes]] (1596-1650), også han en vitenskapsfilosof. Han mente at det rasjonelle var det eneste man var sikker på. Han visste bare sikkert om seg selv at han tenkte og at han tvilte. Ergo kunne han konkludere at hans eksistens var bevist, for den som tenker må akseptere sin egen eksistens. Fra dette aksiomet bygget Descartes opp et verdenssyn fullt av system og synteser - inkludert Guds eksistens. Dette passet kirken bedre, men det var uansett et langt skritt unna teologenes idé om at de skjønte alt - for usikkerheten var også sentral for Descartes.<ref name="vitrev" /> Den store rasjonalisten som fulgte i Descartes' fotspor var [[Baruch Spinoza]] (1632–77). Han var imidlertid mye mindre opptatt av egen bevissthet, og mer opptatt av geometrien som ledesnor, også til etikken. Han mente også at Bibelen ikke kunne tas bokstavelig. Til tross for at hans verdenssyn var panteistisk - Gud er udelelig, og dermed finnes han overalt - be han ikke straffet av kirken, noe som kan vitne om at det var en ny tid i gjære.<ref name="vitrev" />

Selv om kirken ikke hadde beholdt det samme hegemoniet over vitenskapen etter disse filosofene og vitenskapsmennene, var de fortsatt i utgangspunktet positive til vitenskapen. Det vil si helt frem til 1616. Frem til da hadde Kirken selv vært svært positiv til Kopernikus' verdensbilde. Plutselig forandret dette seg. Den ble forbudt 73 år etter at den ble utgitt. Likevel tok det 17 år før Galilei ble tvunget til å innrømme at alt han hadde observert om motsa det kopernikanske verdensbildet var feil. Galilei, da 69, fikk husarrest i sin toscanske villa, men ble ellers ikke straffet. Samtidig skremte Paven og hans kirke mange katolske vitenskapsmenn fra å publisere sine verk.<ref name="vitrev" />