Redigerer Funksjonell magnetresonanstomografi (avsnitt)

==Prosedyre==
Teknikken er en spesiell anvendelse av konvensjonell MR-teknikk. Den baserer seg på å ta gjentatte og  meget hurtige sekvenser av volumopptak. Siden BOLD-effekten bare utgjør en liten del (1-3 % av det totale MR-signalet), er man avhengig av å registrere mange opptak i sekvens under aktivert betingelse og ikkeaktivert kontrollbetingelse og anvende statistiske metoder for å beregne om den registrerte differansen mellom aktivert og ikke-aktivert tilstand er systematisk eller tilfeldig støy. På FMRI-bilder fremstilles gjerne styrken av denne statistiske endringen i aktivering med fargekoder. Siden fMRI-opptak gjøres i svært hurtig sekvens, er disse bildene mer lavoppløste enn de vanlige strukturelle eller anatomiske MR-bildene. For å få best mulig romlig oppløsning og hurtighet, benytter man helst MR-maskiner med sterke magnetfelt (typisk 1,5- 3 Tesla for humane studier). For å lokalisere fMRI-signalene i forhold til hjernens struktur, kombineres bildet av fMRI-oppaket gjerne med et vanlig, høyoppløst anatomisk MR-bilde. 

Siden endringen i kontrast ved aktivering og ikke-aktivering er liten, vil man ofte kombinere data for mange personer og fremstille gruppedata for å oppnå høyest mulig statistisk styrke i et eksperiment. fMRI-teknikk er avhengig av komplisert matematisk beregning for å korrigere for at forsøkspersonen eller pasienten beveger hodet under opptaket og man vil bruke ulike teknikker for å filtrere støykilder. Når man beregner gruppeforskjeller, må det også gjøres korrigering for at hjernens form varierer fra person til person, slik at man "normaliserer" hvert opptak i forhold til en standard referansemodell.