Redigerer Samos (avsnitt)

=== Perserkrigen og persisk styre ===
Etter Polykrates' død fikk Samos et stort nederlag da Perserriket erobret og delvis avbefolket øya. Den hadde likevel gjenvunnet mye av sin makt da øya i 499 f.Kr. gikk sammen med de joniske byene i et opprør mot Perserriket. Men grunnet sin langvarige strid med Miletos, var deres handlinger motstridende, og i det avgjørende slaget ved lade i 494 f.Kr. ble deler av Samos' kontingent på seksti skip skyldig i regelrett forræderi. I 479 f.Kr. ledet Samos opprøret mot Perserriket, i løpet av [[slaget ved Mykale]], som var en del av offensiven til [[det athenske sjøforbundet]], ledet av [[Kimon]].