Redigerer IPNV (Infeksiøs pankreas nekrose virus) (avsnitt)

=== Virusidentifisering ved bruk av PCR ===
Identifisering av IPNV ved hjelp av [[PCR]]-teknikker blir i dag mye brukt. Denne metoden er mer følsom enn virusisolering og gir dermed økt sannsynlighet for påvisning. PCR går ut på å danne mange kopier av en spesifikk nukleotidsekvens ''[[in vitro]]''. En bruker kjente målsekvenser (DNA-templatsekvens) som er karakteristiske (spesifikke) for organismen en ønsker å påvise, og finnes de i prøven, vil de bli mangedoblet. PCR foregår ved økning og senkning av temperaturen til en prøvemiks i flere sykluser. Når temperaturen heves til rundt 95 °C vil DNA-[[heliks]]en bli denaturert, dvs. at det går fra dsDNA til ssDNA fordi hydrogenbindingene mellom nukleotidene i spiralen brytes og åpner seg. Etter dette senkes temperaturen til rundt 50 °C (40-70°C) slik at primerne og probene skal binde seg til sine respektive områder. Størrelsen på en primer er normalt 20-30 baser, og hvor høy temperaturen i dette trinnet kan være er avhengig av størrelsen; for at en primer skal kunne feste seg, må temperaturen være under smeltepunktet til primeren(vanligvis ca. 5ºC under). Smeltepunktet varierer med størrelsen slik at store primere har høyt smeltepunkt. [[primer|Primere]] er korte fragmenter av DNA som ved PCR blir brukes til å indusere syntese av DNA. Til hver PCR trengs det to primere, en som er komplementær til starten av genet (forward) og en til slutten (reverse). Primerne bestemmer start og stopp for kopieringen og lager enkeltrådede DNA-sekvenser. En '''probe''' er et modifisert DNA oligonukleotid og den vil øke spesifisiteten til forsøket da den binder seg kun til 100 % komplementært DNA. Etter at primerne og probene er bundet seg til DNA-tråden økes temperaturen til 72 °C slik at en får aktivert Taq-polymeraser (enzym) som fyller inn [[nukleotid]]er. Taq binder seg til primerne og setter sammen DNA-nukleotider slik at vi får dannet en DNA-heliks. Taq-polymerase (fra bakterien ''Thermus aqaticus'') er mer termostabil da bruk av en standard DNA-polymerase ville ført til denaturering sammen med DNAet under første oppvarming til 95 °C. Syklusen gjentas flere ganger og en får dannet millioner av kopier. Før RNA kan brukes til PCR undersøkelser må RNAet omskrives til cDNA. Dette skjer ved hjelp av enzymet [[revers transkriptase]] som bruker isolert [[mRNA]] for å lage en enkel DNA-tråd. Etter at PCR-reaksjonene er ferdige, kan man kjøre gel-elektroforese på DNA`et man har fått dannet.

==== DNA-elektroforese ====
Gel-elektroforese er en biokjemisk teknikk der man ved bruk av elektrisk felt kan separere DNA-molekyler fra hverandre på lengden. Jo mindre partiklene er, jo lenger vil de vandre mot plusspolen. Med denne teknikken kan man separere DNA-molekyler med størrelser fra noen hundre nukleotider opp til over 10 000 nukleotider. Elektroforesen foregår i en gel, agarose, et polysakkarid isolert fra alger. Denne gelen blir nedsenket i en tank som er fylt opp med en buffer som leder elektrisitet. I gelen er det små brønner der man appliserer DNA-fragmentene. Fosfatgruppa i DNA-trådene bærer et negativt ladd oksygenatom som gir molekylet en negativ ladning. I en elektrisk strøm vil derfor DNA-molekylet bevege seg mot den positive polen i elektroforese kammeret. DNA-fragmentene beveger seg gjennom porene i agarosegelen ved ”slangebevegelser”, hvor de mindre fragmentene vandrer fortere og lengre enn de lengre fragmentene over en viss tid. Slik blir DNA-fragmentene separert etter størrelse. Denne prosessen foregår først ved 50 volt i 5 min. og deretter ved 100 volt i 45 min. Etter elekroforesen må DNA-trådene farges for å bli synlige. Man legger da agarosegelen i en løsning med etidiumbromid (EtBr). EtBr vil binde seg inne i DNA-molekylet, mellom to basepar, og dermed strekke ut hele DNA-spiralen. Ved UV-belysning vil så DNA-båndene kunne ses med øyet. For å finne størrelsen av DNA-fragmentene i en prøve, kjører man samtidig en markør som består av DNA-fragmenter med kjent størrelse. Ved hjelp av en standardkurve av den kjente markøren, kan de ukjente DNA-fragmentenes størrelse beregnes.