Redigerer Tandem massespektrometri (avsnitt)

=== Kollisjonsindusert dissosiasjon ===
Fragmentering etter kilden er oftest det som blir brukt i et tandem massespektrometrieksperimenter. Energi kan også tilsettes ionene, som vanligvis allerede er vibrasjonelt begeistret, gjennom kollisjon etter kilden med nøytrale atomer eller molekyler, absorpsjon av stråling, eller overføring eller innfanging av et elektron med et mangfoldig ladet ion. Kollisjonsindusert dissosiasjon (CID), også kalt kollisjonsaktivert dissosiasjon (CAD), innebærer kollisjon av et ion med et nøytralt atom eller molekyl i gassfasen og påfølgende dissosiasjon av ionet.<ref>{{Kilde oppslagsverk|tittel=Collision‐Induced Dissociation (CID) of Peptides and Proteins|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0076687905020057|utgiver=Elsevier|oppslagsverk=Methods in Enzymology|dato=2005|besøksdato=2021-02-17|isbn=978-0-12-182807-3|side=148–185|bind=402|doi=10.1016/s0076-6879(05)02005-7|språk=en|fornavn=J.|etternavn=Mitchell Wells}}</ref><ref name=":0">{{Kilde artikkel|tittel=Ion activation methods for tandem mass spectrometry|publikasjon=Journal of Mass Spectrometry|doi=10.1002/jms.703|url=http://doi.wiley.com/10.1002/jms.703|dato=oktober 2004|fornavn=Lekha|etternavn=Sleno|etternavn2=Volmer|fornavn2=Dietrich A.|serie=10|språk=en|bind=39|sider=1091–1112|issn=1076-5174|besøksdato=2021-02-17}}</ref> For eksempel:

: <chem>AB+ + M -> A + B+ +M</chem>

der ionet AB<sup>+</sup> kolliderer med det nøytrale speciet M og deretter bryter fra hverandre. Detaljene i denne prosessen er beskrevet av [[kollisjonsteori]]. På grunn av ulik instrumental konfigurasjon er to hovedtyper av CID mulig: (i) stråle-type (hvor forløperioner er fragmentert underveis)<ref>{{Kilde artikkel|tittel=Ion Trap versus Low-Energy Beam-Type Collision-Induced Dissociation of Protonated Ubiquitin Ions|publikasjon=Analytical Chemistry|doi=10.1021/ac051622b|url=https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ac051622b|dato=februar 2006|fornavn=Yu|etternavn=Xia|etternavn2=Liang|fornavn2=Xiaorong|etternavn3=McLuckey|fornavn3=Scott A.|serie=4|språk=en|bind=78|sider=1218–1227|issn=0003-2700|besøksdato=2021-02-17}}</ref> og (ii) ionefeller (der forløperioner blir først fanget, og deretter fragmentert).<ref>{{Kilde artikkel|tittel=An Introduction to Quadrupole Ion Trap Mass Spectrometry|publikasjon=Journal of Mass Spectrometry|doi=10.1002/(SICI)1096-9888(199704)32:43.0.CO;2-Y|url=https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/%28SICI%291096-9888%28199704%2932%3A4%3C351%3A%3AAID-JMS512%3E3.0.CO%3B2-Y|dato=1997|fornavn=Raymond E.|etternavn=March|serie=4|språk=en|bind=32|sider=351–369|issn=1096-9888|besøksdato=2021-02-17}}</ref><ref>{{Kilde artikkel|tittel=Robust and Sensitive iTRAQ Quantification on an LTQ Orbitrap Mass Spectrometer|publikasjon=Molecular & Cellular Proteomics|doi=10.1074/mcp.M800029-MCP200|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1535947620312998|dato=september 2008|fornavn=Marcus|etternavn=Bantscheff|etternavn2=Boesche|fornavn2=Markus|etternavn3=Eberhard|fornavn3=Dirk|etternavn4=Matthieson|fornavn4=Toby|etternavn5=Sweetman|fornavn5=Gavain|etternavn6=Kuster|fornavn6=Bernhard|serie=9|språk=en|bind=7|sider=1702–1713|pmc=PMC2556025|pmid=18511480|besøksdato=2021-02-17}}</ref>

En tredje og nyere type CID-fragmentering er høyenergi kollisjonell dissosiasjon (HCD). HCD er en CID-teknikk som er spesifikk for [[Orbitrap|orbitrap massespektrometre]] der fragmentering foregår utenfor ionefellen,<ref name=":3">{{Kilde artikkel|tittel=Higher-energy C-trap dissociation for peptide modification analysis|publikasjon=Nature Methods|doi=10.1038/nmeth1060|url=http://www.nature.com/articles/nmeth1060|dato=september 2007|fornavn=Jesper V|etternavn=Olsen|etternavn2=Macek|fornavn2=Boris|etternavn3=Lange|fornavn3=Oliver|etternavn4=Makarov|fornavn4=Alexander|etternavn5=Horning|fornavn5=Stevan|etternavn6=Mann|fornavn6=Matthias|serie=9|språk=en|bind=4|sider=709–712|issn=1548-7091|besøksdato=2021-02-17}}</ref><ref>{{Kilde artikkel|tittel=Novel Parallelized Quadrupole/Linear Ion Trap/Orbitrap Tribrid Mass Spectrometer Improving Proteome Coverage and Peptide Identification Rates|publikasjon=Analytical Chemistry|doi=10.1021/ac403115c|url=https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ac403115c|dato=2013-12-17|fornavn=Michael W.|etternavn=Senko|etternavn2=Remes|fornavn2=Philip M.|etternavn3=Canterbury|fornavn3=Jesse D.|etternavn4=Mathur|fornavn4=Raman|etternavn5=Song|fornavn5=Qingyu|etternavn6=Eliuk|fornavn6=Shannon M.|etternavn7=Mullen|fornavn7=Chris|etternavn8=Earley|fornavn8=Lee|etternavn9=Hardman|fornavn9=Mark|serie=24|språk=en|bind=85|sider=11710–11714|issn=0003-2700|besøksdato=2021-02-17}}</ref> det skjer i HCD-cellen (i noen instrumenter kalt "ion routing multipole").<ref>{{Kilde artikkel|tittel=Activated Ion-Electron Transfer Dissociation Enables Comprehensive Top-Down Protein Fragmentation|publikasjon=Journal of Proteome Research|doi=10.1021/acs.jproteome.7b00249|url=https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.7b00249|dato=2017-07-07|fornavn=Nicholas M.|etternavn=Riley|etternavn2=Westphall|fornavn2=Michael S.|etternavn3=Coon|fornavn3=Joshua J.|serie=7|språk=en|bind=16|sider=2653–2659|issn=1535-3893|pmc=PMC5555583|pmid=28608681|besøksdato=2021-02-17}}</ref> HCD er en fragmentering av felle-typen som har vist seg å ha egenskaper av bjelketypen.<ref>{{Kilde artikkel|tittel=Feasibility of Large-Scale Phosphoproteomics with Higher Energy Collisional Dissociation Fragmentation|publikasjon=Journal of Proteome Research|doi=10.1021/pr100637q|url=https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/pr100637q|dato=2010-12-03|fornavn=Nagarjuna|etternavn=Nagaraj|etternavn2=D’Souza|fornavn2=Rochelle C. J.|etternavn3=Cox|fornavn3=Juergen|etternavn4=Olsen|fornavn4=Jesper V.|etternavn5=Mann|fornavn5=Matthias|serie=12|språk=en|bind=9|sider=6786–6794|issn=1535-3893|besøksdato=2021-02-17}}</ref><ref>{{Kilde artikkel|tittel=Differentiating Positional Isomers of Nucleoside Modifications by Higher-Energy Collisional Dissociation Mass Spectrometry (HCD MS)|publikasjon=Journal of the American Society for Mass Spectrometry|doi=10.1021/jasms.8b05892|url=https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jasms.8b05892|dato=2018-08-01|fornavn=Manasses|etternavn=Jora|etternavn2=Burns|fornavn2=Andrew P.|etternavn3=Ross|fornavn3=Robert L.|etternavn4=Lobue|fornavn4=Peter A.|etternavn5=Zhao|fornavn5=Ruoxia|etternavn6=Palumbo|fornavn6=Cody M.|etternavn7=Beal|fornavn7=Peter A.|etternavn8=Addepalli|fornavn8=Balasubrahmanyam|etternavn9=Limbach|fornavn9=Patrick A.|serie=8|bind=29|sider=1745–1756|issn=1044-0305|pmc=|pmid=|besøksdato=2021-02-17}}</ref> Fritt tilgjengelige storskala høyoppløselige tandem massespektrometri databaser eksisterer (f.eks. METLIN med 850 000 molekylære standarder hver med eksperimentelle CID MS/MS data),<ref>{{Kilde artikkel|tittel=Article Metrics - METLIN MS 2 molecular standards database: a broad chemical and biological resource {{!}} Nature Methods|url=https://www.nature.com/articles/s41592-020-0942-5/metrics|språk=en|issn=1548-7105|besøksdato=2021-02-17}}</ref> og brukes vanligvis for å lette identifikasjon av små molekyler.