Redigerer Karlsøy (avsnitt)

=== Tidlig moderne tid ===
[[Fil:Scoleus.jpg|mini|Prospekt av Bergen fra rundt 1580 med de hanseatiske kjøpmannshusene på østsiden av [[Vågen (Bergen)|Vågen]]. «Scholeusstikket» av [[Hieronymus Scholeus]]. ]]

På 1500- og 1600-tallet var godset som tilhørende Bjarkøyætten overtatt av [[Rosenkrantz|Rosenkrantz-ætten]], hvilket betyr at Vannøya, Spenna, [[Store Skorøya|Skorøy]], [[Burøya (Karlsøy)|Burøya]], Grimsholmen, Lyngøy, [[Flatvær naturreservat|Flatvær]] og andre områder er i besittelse av disse nye eierne.{{sfn|Bratrein|1989|p=222–228}} 

1600-tallet var preget av befolkningsreduksjon og nedgangstider, med fraflyttede gårder ([[ødegård]]er).{{sfn|Bratrein|1989|p=556–558}} Generelt var årene 1620–1650 preget av store strukturendringer i samfunnet, der en gikk fra å være orientert om fiske og hadde et åpent internasjonalt samfunn, til å bli et mer perifert fiskerbondesamfunn, som var mer lukket og stillestående. Blant annet med en overgang fra tettbebyggelse i fiskevær til mer spredt bebyggelse og fraflytting. Nedgangen skjer i hele Nord-Norge og historikerne har pekt på flere årsaker. Fra rundt 1670 ble forholdene mer stabilisert, med større handel og gjenopptak av ødegårder. Med tilpasninger oppstår et nytt samfunn på 1700-tallet.{{sfn|Bratrein|1989|p=559–562}}

Krisene og nedgangstiden fra 1600-tallet gir seg fra rundt 1700, og befolkningen og den økonomiske aktiviteten stabiliserer seg på et nytt og lavere nivå. I Europa er det urolige tider med krig og kriser, disse hadde ingen direkte betydning for Nord-Norge, men indirekte ble handelsforholdene påvirket, med sviktende korneksport til landsdelen og svakere tørrfiskmarked. I 1794 ble forordningen med tvungen handel via Bergen lempet på, Tromsø ble by i 1794 og eksporten kunne foregå derfra. En annen endring var tillatelse til å drive [[Pomorhandel|russehandel]] på 1700-tallet.{{sfn|Bratrein|1990|p=13}}

Folkemengden økte utover på 1700-tallet og det ble etablert nye gårder innover i landet. Skillet mellom nordmenn og samer ble mindre, slik at samer flyttet inn i typiske norske bygder på øyene og nordmenn flyttet inn i samefjordene. [[Kvener]] kom også til og alle tok del i handelen på øyene i Karlsøy. Nye redskaper ble introdusert i fisket som [[Fiskegarn|garn]], [[Linefiske|line]] og [[synkenot]]. Den gamle boformen med torvhytter ble for en stor del erstattet med tømmerhus.{{sfn|Bratrein|1990|p=13–15}}