Redigerer Gasskromatografi–massespektrometri (avsnitt)

== Analyse ==
Et massespektrometer brukes vanligvis på en av to måter: full skanning eller selektiv ionovervåking (SIM). Det typiske GC-MS-instrumentet er i stand til å utføre begge funksjonene hver for seg eller samtidig, avhengig av oppsettet til det bestemte instrumentet.

Det primære målet med instrumentanalyse er å kvantifisere en mengde stoff. Dette gjøres ved å sammenligne de relative konsentrasjonene mellom atommassene i det genererte spekteret. To typer analyser er mulige, komparative og originale. Sammenlignende analyse sammenligner i det vesentlige det gitte spekteret med et spektrumbibliotek for å se om dets egenskaper er til stede for noen prøver i biblioteket. Dette utføres best av en datamaskin fordi det er et utall visuelle forvrengninger som kan finne sted på grunn av variasjoner i skala. Datamaskiner kan også samtidig korrelere flere data (for eksempel retensjonstidene som er identifisert av GC), for mer nøyaktig å relatere visse data. Dyp læring ble vist å føre til lovende resultater i identifiseringen av VOC fra rå GC-MS-data<ref>{{Kilde artikkel|tittel=Convolutional neural networks for automated targeted analysis of raw gas chromatography-mass spectrometry data|publikasjon=2018 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN)|doi=10.1109/IJCNN.2018.8489539|url=https://ieeexplore.ieee.org/document/8489539/|dato=Juli 2018|fornavn=Angelika|etternavn=Skarysz|etternavn2=Alkhalifah|fornavn2=Yaser|etternavn3=Darnley|fornavn3=Kareen|etternavn4=Eddleston|fornavn4=Michael|etternavn5=Hu|fornavn5=Yang|etternavn6=McLaren|fornavn6=Duncan B|etternavn7=Nailon|fornavn7=William H|etternavn8=Salman|fornavn8=Dahlia|etternavn9=Sykora|fornavn9=Martin|utgiver=IEEE|sider=1–8|isbn=978-1-5090-6014-6|besøksdato=2021-02-18}}</ref>

En annen analysemetode måler toppene i forhold til hverandre. I denne metoden tildeles den høyeste toppen 100% av verdien, og de andre toppene tildeles proporsjonale verdier. Alle verdier over 3% er tildelt. Den totale massen av den ukjente forbindelsen er normalt angitt av foreldretoppen. Verdien av denne foreldretoppen kan brukes til å passe med en kjemisk formel som inneholder de forskjellige elementene som antas å være i forbindelsen. Isotopmønsteret i spekteret, som er unikt for grunnstoffer som har mange naturlige isotoper, kan også brukes til å identifisere de forskjellige elementene som er tilstede. Når en kjemisk formel er blitt matchet med spekteret, kan molekylær struktur og binding identifiseres, og må være i samsvar med karakteristikkene registrert av GC-MS. Vanligvis gjøres denne identifiseringen automatisk av programmer som følger med instrumentet, gitt en liste over elementene som kan være til stede i prøven.

En «fullspektrum»-analyse vurderer alle «toppene» i et spektrum. Omvendt overvåker selektiv ionovervåking (SIM) bare utvalgte ioner assosiert med et bestemt stoff. Dette gjøres under forutsetning av at et sett med ioner ved en gitt retensjonstid er karakteristisk for en bestemt forbindelse. Dette er en rask og effektiv analyse, spesielt hvis analytikeren har tidligere informasjon om en prøve eller bare leter etter noen få spesifikke stoffer. Når mengden informasjon som samles inn om ionene i en gitt gasskromatografisk topp synker, øker sensitiviteten til analysen. Så, SIM-analyse tillater at en mindre mengde av en forbindelse kan oppdages og måles, men graden av sikkerhet om identiteten til den forbindelsen er redusert.